Поиск и кластеризация с производительностью на несколько порядков выше, чем у BLAST

Актуальность: Биологические последовательностные данные быстро накапливаются, что стимулирует разработку улучшенных высокопропускных методов классификации последовательностей. Результаты: UBLAST и USEARCH — новые алгоритмы, обеспечивающие чувствительный локальный и глобальный поиск по большим базам последовательностей с исключительно высокой скоростью. В практических приложениях они часто работают на несколько порядков быстрее, чем BLAST, хотя чувствительность к отдалённым белковым связям ниже. UCLUST — новый метод кластеризации, использующий USEARCH для назначения последовательностей к кластерам. UCLUST предлагает несколько преимуществ по сравнению с широко используемой программой CD-HIT, включая большую скорость, меньшие требования к памяти, повышенную чувствительность, кластеризацию при более низких значениях идентичности и классификацию значительно больших наборов данных. Доступность: двоичные файлы доступны бесплатно для некоммерческого использования по адресу http://www.drive5.com/usearch.