Микробиота корневых каналов при первичном и вторичном апикальном периодонтите

Апикальный периодонтит представляет собой воспалительное заболевание периапикальных тканей зуба, вызываемое бактериями, колонизирующими некротизированные корневые каналы. Первичный апикальный периодонтит развивается вследствие микробной колонизации некротизированной пульпы. Вторичный апикальный периодонтит обусловлен персистирующей инфекцией неправильно обработанных корневых каналов. Целью данного исследования была характеристика микробиоты, присутствующей при первичных и вторичных внутрикорневых инфекциях, ассоциированных с апикальным периодонтитом, с использованием секвенирования ампликонов гена 16S рРНК. После получения информированного согласия были удалены зубы с апикальным периодонтитом, ранее подвергавшиеся или не подвергавшиеся лечению корневых каналов. Из каждого зуба отбирали внутрикорневое содержимое, а также образец дентина (контроль), после чего выполняли выделение ДНК. Ампликоны области V3–V4 бактериального гена 16S рРНК объединяли и секвенировали (2×300) на приборе Illumina MiSeq. Конвейер биоинформатического анализа включал фильтрацию по качеству, объединение прямых и обратных прочтений, кластеризацию прочтений в операционные таксономические единицы (OTU), удаление предположительно контаминирующих OTU и таксономическую классификацию. Наиболее распространенной и многочисленной OTU как в образцах дентина, так и в образцах из корневых каналов была OTU, отнесенная к анаэробной бактерии Fusobacterium nucleatum. Многомерный анализ выявил кластеризацию микробиоты по типу образца (дентин и внутрикорневое содержимое), а в корневых каналах — по типу патологии (первичная и вторичная инфекция). При сравнении инфицированных корневых каналов с первичной и вторичной инфекцией доля Enterococcus faecalis была соответственно выше, а доля F. nucleatum — ниже при вторичной инфекции. Анализ сетей совместной встречаемости продемонстрировал наличие микробных взаимодействий, специфичных для типа инфекции. Выявление бактериальных таксонов, различающихся по численности при первичных и вторичных внутрикорневых инфекциях, может стать основой для разработки целенаправленных терапевтических подходов, направленных на снижение частоты апикального периодонтита.