Рамки исследований человеческого микробиома

A framework for human microbiome research
Catherine Lozupone, Rob Knight, Jason Miller, Sergey Koren, Mathangi Thiagarajan, Sarah Young, Qiandong Zeng, Jennifer R. Wortman, Bruce W. Birren, William Nelson, Todd Z. DeSantis, Gary L. Andersen, Scott T. Kelley, Dan Knights, Ruth E. Ley, R. C. Edgar, Victor Markowitz, I-Min A. Chen, Ken Chu, Nikos C. Kyrpides, Brian J. Haas, José C. Clemente, Katherine S. Pollard, Barbara A. Methé, Konstantinos Liolios, Krishna Palaniappan, Patrick D. Schloss, Curtis Huttenhower, Nicola Segata, Janet Jansson, Konstantinos Mavrommatis, Jacques Izard, Dirk Gevers, Eric J. Alm, Todd J. Treangen, Martin J. Blaser, Sahar Abubucker, Jonathan H. Badger, Chien‐Chi Lo, Patrick Chain, Richard A. Gibbs, Richard K. Wilson, Lucinda Fulton, Robert S. Fulton, Elaine R. Mardis, Lei Chen, Carsten Russ, Kristine M. Wylie, Jack D. Sobel, George M. Weinstock, Erica Sodergren, Georgia Giannoukos, Chad Nusbaum, Christie Kovar, Ramana Madupu, Heidi H. Kong, Jeffery A. Schloss, Peter Mannon, Joshua Orvis, Jamison McCorrison, Indresh Singh, Asif Chinwalla, Patrick Minx, Sandra W. Clifton, Donna M. Muzny, Kim C. Worley, Jane L. Peterson, Kris A. Wetterstrand, Jeroen Raes, Thomas M. Schmidt, Kevin Riehle, Mihai Pop, Wesley C. Warren, Bo Liu, Omry Koren, Floyd E. Dewhirst, Heather H. Creasy, Ashlee M. Earl, Michael G. FitzGerald, Michelle Giglio, Kymberlie Hallsworth-Pepin, Elizabeth A. Lobos, Vincent Magrini, Makedonka Mitreva, James Versalovic, Aye Wollam, Kjersti M. Aagaard, Olukemi O. Abolude, Emma Allen‐Vercoe, Lucia Alvarado, Scott Anderson, Elizabeth L. Appelbaum, Harindra Arachchi, Gary C. Armitage, Cesar Arze, Tulin Ayvaz, Carl C. Baker, Lisa Begg, Tsegahiwot Belachew, Veena Bhonagiri, Monika Bihan, Toby Bloom, Vivien Bonazzi, Gregory A. Buck, Christian Buhay, Dana Busam, Joseph L. Campbell, Shane R. Canon, Brandi L. Cantarel, I.-Min A. Chen, Shaila Chhibba, Dawn Ciulla, Sean Conlan, Jonathan Crabtree, Mary A. Cutting, Noam J. Davidovics, Catherine Davis, Carolyn Deal, Kimberley D. Delehaunty, Elena Deych, Yan Ding, David J. Dooling, Shannon Dugan, W. Michael Dunne, A. Scott Durkin, Rachel Erlich, Candace N. Farmer, Ruth M. Farrell, Karoline Faust, Michael Feldgarden, Victor Felix, Sheila Fisher, Larry J. Forney, Leslie Foster, Valentina Di Francesco, Jonathan Friedman, Dennis C. Friedrich, Catrina C. Fronick, Hongyu Gao, M. Nathalia Garcia, Christina Giblin, Maria Y. Giovanni, Jonathan M. Goldberg, Johannes B. Goll, Allison Griggs, Sharvari Gujja, Holli Hamilton, Emily Harris, Theresa A. Hepburn, Brandi Herter, Diane E. Hoffmann, Michael Holder, Clinton Howarth, Katherine Huang, Susan M. Huse, Huaiyang Jiang, Catherine Jordan, Vandita Joshi, James A. Katancik, Wendy A. Keitel, Cristyn Kells, Nicholas B. King, Karthik Kota, Patricio S. La Rosa, Sandra L. Lee, Katherine P. Lemon, Niall J. Lennon, Cecil M. Lewis, Lora Lewis, Kelvin Li, Chien- Chi Lo, R. Dwayne Lunsford, Tessa Madden, Anup Mahurkar, Daniel McDonald, Jean E. McEwen, Amy L. McGuire, Pamela McInnes, Teena Mehta, Kathie A. Mihindukulasuriya, Irene Newsham, Shital M. Patel, M.A. Pearson, Mircea Podar, Craig Pohl, Margaret Priest, Lita M. Proctor, Xiang Qin, Jacques Ravel, Jeffrey G. Reid, Mina Rho, Rosamond Rhodes, Maria C. Rivera, Beltran Rodriguez-Mueller, Yu Hui Rogers, Matthew C. Ross, Ravi Sanka, Pamela Sankar, J. Fah Sathirapongsasuti, Matthew Scholz, Lynn M. Schriml, Alyxandria M. Schubert, Julia A. Segre, William D. Shannon, Richard R. Sharp, Thomas J. Sharpton, Narmada Shenoy, Nihar U. Sheth, Gina Simone, Christopher S. Smillie, Doron D. Sommer, Paul Spicer, Granger G. Sutton, Sean M. Sykes, Diana Tabbaa, Chad Tomlinson, Manolito Torralba, Rebecca Truty, Tatiana A. Vishnivetskaya, Jason Walker, Lu Wang, Zhengyuan Wang, Doyle V. Ward, Mark A. Watson, Matthew T. Wheeler, James R. White, Katarzyna Wilczek-Boney, Todd Wylie, Chandri Yandava, Yuzhen Ye, Shibu Yooseph, Bonnie P. Youmans, Lan Zhang, Yanjiao Zhou, Yiming Zhu, Laurie Zoloth, Jeremy Zucker, Sarah K. Highlander, Joseph F. Petrosino, Rebecca M. Truty, Katherine S. Pollard, Mina Rho, Yuzhen Ye, Rosamond Rhodes, Kevin P. Riehle, Pamela Sankar, Alyxandria M. Schubert, Patrick D. Schloss, Thomas M. Schmidt, Gina A. Simone, Jack D. Sobel, Todd J. Treangen, Shibu Yooseph, Laurie Zoloth, Joseph F. Petrosino, Julia A. Segre, Sean Conlan, Owen White, Michelle D. O’Laughlin, John C. Martin, Paul Brooks, Anthony A. Fodor, Antonio González, Susan Kinder-Haake, Yue Liu, Ioanna Pagani, Yuan Qing Wu, Liang Ye, Jacques Ravel, Jonathan H. Badger, Michelle O’Laughlin, Yu-Hui Rogers, Christopher Wellington, Gregory A. Buck, Chien-Chi Lo, I-Min A. Chen, Paul Brooks, Yu-Hui Rogers, Yuan Wu, A. Scott Durkin, Karen E. Nelson, Nathalia Garcia, Daniel D. Sommer, Leslie Foster, Michelle O'Laughlin, Karen Nelson, Daniel Sommer, Jacques Ravel, Christopher Wellington, Matthew Scholz, Victor M. Markowitz, I Pagani, K G Palaniappan, Catherine C. Davis, Nathalia García, Yuzhen Ye, P Akshay Sankar, Thomas M. Schmidt, Gina A. Simone, LAURIE ZOLOTH, Sean Conlan
2012-06-01

16S рибосомальная РНКПроект человеческого микробиомапротоколы метагеномикиметагеномные последовательностиреферентные штаммы
По всему человеческому телу существуют разнообразные микробные сообщества и их гены (микробиом), играющие фундаментальную роль в здоровье и заболеваниях человека. Консорциум проекта Human Microbiome Project, финансируемый Национальными институтами здравоохранения (NIH), разработал популяционно-ориентированную структуру для создания метагеномных протоколов, что привело к широкому набору контролируемых по качеству ресурсов и данных, включая стандартизованные методы создания, обработки и интерпретации различных типов высокопроизводительных метагеномных данных, доступных научному сообществу. В настоящей работе представлены ресурсы, полученные от популяции из 242 здоровых взрослых, у которых брали образцы с 15 или 18 участков тела до трех раз; в результате получено 5177 таксономических профилей микробов на основе генов 16S рибосомальной РНК и более 3,5 терабайт метагеномных последовательностей на данный момент. Параллельно последовательно секвенированы примерно 800 референтных штаммов, выделенных из человеческого тела. В совокупности эти данные представляют наибольший ресурс, описывающий разнообразие и распространённость человеческого микробиома, обеспечивая при этом основу для настоящих и будущих исследований.
1
Ресурсы собраны от 242 здоровых взрослых, взятых с 15 или 18 участков тела до трех раз, что привело к 5 177 таксономическим профилям по 16S рRNA.
2
Консорциум Human Microbiome Project создал популяционный фреймворк со стандартизированными метагеномными протоколами для исследований микробиома человека.
3
Проект сгенерировал более 3,5 терабайт метагеномных последовательностей и примерно 800 секвенированных референсных штаммов, выделенных из человеческого тела.
4
Эти объединенные наборы данных представляют собой крупнейший ресурс, описывающий распространённость и разнообразие микробиома человека, и предоставляют фреймворк для будущих исследований.

Микробиом человека (микробные сообщества и их гены на различных участках тела человека)

Рамочная популяционная платформа и ресурсы для характеризования обилия, разнообразия и метагеномных профилей микробиома человека на различных участках тела

Publication Details
Publication Date
2012-06-01
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Catherine Lozupone
Rob Knight
Jason Miller
Sergey Koren
Mathangi Thiagarajan
Sarah Young
Qiandong Zeng
Jennifer R. Wortman
Bruce W. Birren
William Nelson
Todd Z. DeSantis
Gary L. Andersen
Scott T. Kelley
Dan Knights
Ruth E. Ley
R. C. Edgar
Victor Markowitz
I-Min A. Chen
Ken Chu
Nikos C. Kyrpides
Brian J. Haas
José C. Clemente
Katherine S. Pollard
Barbara A. Methé
Konstantinos Liolios
Krishna Palaniappan
Patrick D. Schloss
Curtis Huttenhower
Nicola Segata
Janet Jansson
Konstantinos Mavrommatis
Jacques Izard
Dirk Gevers
Eric J. Alm
Todd J. Treangen
Martin J. Blaser
Sahar Abubucker
Jonathan H. Badger
Chien‐Chi Lo
Patrick Chain
Richard A. Gibbs
Richard K. Wilson
Lucinda Fulton
Robert S. Fulton
Elaine R. Mardis
Lei Chen
Carsten Russ
Kristine M. Wylie
Jack D. Sobel
George M. Weinstock
Erica Sodergren
Georgia Giannoukos
Chad Nusbaum
Christie Kovar
Ramana Madupu
Heidi H. Kong
Jeffery A. Schloss
Peter Mannon
Joshua Orvis
Jamison McCorrison
Indresh Singh
Asif Chinwalla
Patrick Minx
Sandra W. Clifton
Donna M. Muzny
Kim C. Worley
Jane L. Peterson
Kris A. Wetterstrand
Jeroen Raes
Thomas M. Schmidt
Kevin Riehle
Mihai Pop
Wesley C. Warren
Bo Liu
Omry Koren
Floyd E. Dewhirst
Heather H. Creasy
Ashlee M. Earl
Michael G. FitzGerald
Michelle Giglio
Kymberlie Hallsworth-Pepin
Elizabeth A. Lobos
Vincent Magrini
Makedonka Mitreva
James Versalovic
Aye Wollam
Kjersti M. Aagaard
Olukemi O. Abolude
Emma Allen‐Vercoe
Lucia Alvarado
Scott Anderson
Elizabeth L. Appelbaum
Harindra Arachchi
Gary C. Armitage
Cesar Arze
Tulin Ayvaz
Carl C. Baker
Lisa Begg
Tsegahiwot Belachew
Veena Bhonagiri
Monika Bihan
Toby Bloom
Vivien Bonazzi
Gregory A. Buck
Christian Buhay
Dana Busam
Joseph L. Campbell
Shane R. Canon
Brandi L. Cantarel
I.-Min A. Chen
Shaila Chhibba
Dawn Ciulla
Sean Conlan
Jonathan Crabtree
Mary A. Cutting
Noam J. Davidovics
Catherine Davis
Carolyn Deal
Kimberley D. Delehaunty
Elena Deych
Yan Ding
David J. Dooling
Shannon Dugan
W. Michael Dunne
A. Scott Durkin
Rachel Erlich
Candace N. Farmer
Ruth M. Farrell
Karoline Faust
Michael Feldgarden
Victor Felix
Sheila Fisher
Larry J. Forney
Leslie Foster
Valentina Di Francesco
Jonathan Friedman
Dennis C. Friedrich
Catrina C. Fronick
Hongyu Gao
M. Nathalia Garcia
Christina Giblin
Maria Y. Giovanni
Jonathan M. Goldberg
Johannes B. Goll
Allison Griggs
Sharvari Gujja
Holli Hamilton
Emily Harris
Theresa A. Hepburn
Brandi Herter
Diane E. Hoffmann
Michael Holder
Clinton Howarth
Katherine Huang
Susan M. Huse
Huaiyang Jiang
Catherine Jordan
Vandita Joshi
James A. Katancik
Wendy A. Keitel
Cristyn Kells
Nicholas B. King
Karthik Kota
Patricio S. La Rosa
Sandra L. Lee
Katherine P. Lemon
Niall J. Lennon
Cecil M. Lewis
Lora Lewis
Kelvin Li
Chien- Chi Lo
R. Dwayne Lunsford
Tessa Madden
Anup Mahurkar
Daniel McDonald
Jean E. McEwen
Amy L. McGuire
Pamela McInnes
Teena Mehta
Kathie A. Mihindukulasuriya
Irene Newsham
Shital M. Patel
M.A. Pearson
Mircea Podar
Craig Pohl
Margaret Priest
Lita M. Proctor
Xiang Qin
Jacques Ravel
Jeffrey G. Reid
Mina Rho
Rosamond Rhodes
Maria C. Rivera
Beltran Rodriguez-Mueller
Yu Hui Rogers
Matthew C. Ross
Ravi Sanka
Pamela Sankar
J. Fah Sathirapongsasuti
Matthew Scholz
Lynn M. Schriml
Alyxandria M. Schubert
Julia A. Segre
William D. Shannon
Richard R. Sharp
Thomas J. Sharpton
Narmada Shenoy
Nihar U. Sheth
Gina Simone
Christopher S. Smillie
Doron D. Sommer
Paul Spicer
Granger G. Sutton
Sean M. Sykes
Diana Tabbaa
Chad Tomlinson
Manolito Torralba
Rebecca Truty
Tatiana A. Vishnivetskaya
Jason Walker
Lu Wang
Zhengyuan Wang
Doyle V. Ward
Mark A. Watson
Matthew T. Wheeler
James R. White
Katarzyna Wilczek-Boney
Todd Wylie
Chandri Yandava
Yuzhen Ye
Shibu Yooseph
Bonnie P. Youmans
Lan Zhang
Yanjiao Zhou
Yiming Zhu
Laurie Zoloth
Jeremy Zucker
Sarah K. Highlander
Joseph F. Petrosino
Rebecca M. Truty
Katherine S. Pollard
Mina Rho
Yuzhen Ye
Rosamond Rhodes
Kevin P. Riehle
Pamela Sankar
Alyxandria M. Schubert
Patrick D. Schloss
Thomas M. Schmidt
Gina A. Simone
Jack D. Sobel
Todd J. Treangen
Shibu Yooseph
Laurie Zoloth
Joseph F. Petrosino
Julia A. Segre
Sean Conlan
Owen White
Michelle D. O’Laughlin
John C. Martin
Paul Brooks
Anthony A. Fodor
Antonio González
Susan Kinder-Haake
Yue Liu
Ioanna Pagani
Yuan Qing Wu
Liang Ye
Jacques Ravel
Jonathan H. Badger
Michelle O’Laughlin
Yu-Hui Rogers
Christopher Wellington
Gregory A. Buck
Chien-Chi Lo
I-Min A. Chen
Paul Brooks
Yu-Hui Rogers
Yuan Wu
A. Scott Durkin
Karen E. Nelson
Nathalia Garcia
Daniel D. Sommer
Leslie Foster
Michelle O'Laughlin
Karen Nelson
Daniel Sommer
Jacques Ravel
Christopher Wellington
Matthew Scholz
Victor M. Markowitz
I Pagani
K G Palaniappan
Catherine C. Davis
Nathalia García
Yuzhen Ye
P Akshay Sankar
Thomas M. Schmidt
Gina A. Simone
LAURIE ZOLOTH
Sean Conlan
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%