Генотипирование и филогенетическое положение одного клинического изолята Bacillus anthracis, выделенного от человека в России

ВВЕДЕНИЕ: Сибирская язва — зоонозное заболевание, вызываемое грамположительной бактерией Bacillus anthracis. В России насчитывается более 35 000 стационарно неблагополучных по сибирской язве пунктов. При этом опубликовано очень мало информации об изолятах B. anthracis с территории России. В настоящем исследовании представлены результаты полногеномного секвенирования (WGS) и биоинформатического анализа штамма B. anthracis 81/1, выделенного в России в 1969 году от человека во время вспышки заболевания в Ставропольском крае. РЕЗУЛЬТАТЫ: Для определения положения российского изолята в глобальной филогении B. anthracis были использованы 232 генома B. anthracis, доступные в базе данных GenBank. Исследованный штамм был охарактеризован с помощью генетических методов на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР), включая анализ вариабельного числа тандемных повторов в нескольких локусах (MLVA), анализ канонических однонуклеотидных полиморфизмов (canSNP) и полногеномный анализ однонуклеотидных полиморфизмов (wgSNP). Результаты показывают, что российский штамм B. anthracis 81/1 относится к трансевазиатской (Trans-Eurasian, TEA) группе, наиболее широко представленной в мире. ВЫВОДЫ: В настоящем исследовании впервые охарактеризована полная геномная последовательность вирулентного штамма B. anthracis из России. В результате комплексного филогенетического анализа было определено положение этого изолята в глобальной филогенетической структуре популяции B. anthracis, что расширяет наши знания о филогеографии сибирской язвы в России.