Комплексная геномная характеристика плоскоклеточного рака лёгкого

Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers
Eric S. Lander, Stacey Gabriel, Marco A. Marra, Robert A. Holt, Angela Tam, Miruna Balasundaram, Haiyan I. Li, Richard A. Moore, Eric Chuah, Michael Mayo, Jacqueline E. Schein, Andrew J. Mungall, A. Gordon Robertson, Nina Thiessen, Matthew Meyerson, Nils Gehlenborg, Kristian Cibulskis, Andrew D. Cherniack, Michael S. Lawrence, Doug Voet, Gad Getz, Lynda Chin, Pei Lin, Rameen Beroukhim, Gordon Saksena, Juok Cho, Hailei Zhang, Aaron McKenna, Chang-Jiun Wu, Stephen E. Schumacher, Petar Stojanov, Sachet Shukla, Nam H. Pho, Helga Thorvaldsdottir, Barbara Tabak, Andrey Sivachenko, Marc-Danie Nazaire, Michael Noble, Lihua Zou, Jim Robinson, Jill Mesirov, Douglas Voet, Marcin Imielinski, Peter S. Hammerman, Huy Nguyen, Wendy Winckler, Andrew Crenshaw, Elena Helman, Spring Yingchun Liu, Scott L. Carter, Daniel DiCara, Rui Jing, Bryan Hernandez, Bruce E. Johnson, David Kwiatkowski, Bruce Johnson, Carrie Sougnez, Kristin Ardlie, Robert C. Onofrio, Yongjun Zhao, Karen Mungall, Andy Chu, An He, Elizabeth Chun, Richard Varhol, Carrie Hirst, Martin Hirst, Robin J. N. Coope, Hye-Jung E. Chun, Dominik Stoll, Yaron S. N. Butterfield, Ka Ming Nip, Erin Pleasance, Jared R. Slobodan, Ranabir Guin, Gordon Robertson, Andy Mungall, Darlene Lee, Thomas Zeng, Richard Corbett
2012-09-07

мутации TP53Атлас генома ракаэпигеномные изменениягеномные измененияплоскоклеточная карцинома лёгкого
Плоскоклеточный рак лёгкого — распространённый тип рака лёгкого, ежегодно вызывающий около 400 000 смертей во всём мире. Геномные изменения при плоскоклеточном раке лёгкого не были всесторонне охарактеризованы, и специально для его лечения не было разработано ни одного препарата, воздействующего на молекулярные мишени. В рамках проекта The Cancer Genome Atlas мы проанализировали 178 случаев плоскоклеточного рака лёгкого, чтобы получить исчерпывающую картину геномных и эпигеномных изменений. Мы показали, что этот тип опухоли характеризуется сложными геномными изменениями: в среднем на одну опухоль приходилось 360 экзонных мутаций, 165 геномных перестроек и 323 сегмента изменений числа копий. Мы выявили статистически значимые рекуррентные мутации в 11 генах, включая TP53 почти во всех образцах. Ранее не описанные мутации с потерей функции были обнаружены в HLA-A — гене главного комплекса гистосовместимости класса I. Существенно изменённые сигнальные пути включали NFE2L2 и KEAP1 в 34% опухолей, гены дифференцировки плоского эпителия — в 44%, гены фосфатидилинозитол-3-киназного пути — в 47%, а CDKN2A и RB1 — в 72% опухолей. В большинстве опухолей мы выявили потенциальную терапевтическую мишень, что открывает новые направления исследований для лечения плоскоклеточного рака лёгкого. Комплексный анализ 178 случаев плоскоклеточного рака лёгкого, выполненный в рамках проекта The Cancer Genome Atlas, показал, что этот тип опухоли характеризуется сложными геномными изменениями и статистически значимыми рекуррентными мутациями в 11 генах, включая TP53 почти во всех образцах; потенциальная терапевтическая мишень была выявлена в большинстве изученных образцов. Консорциум The Cancer Genome Atlas проанализировал 178 случаев плоскоклеточного рака лёгкого — распространённого типа рака, для которого ранее не существовало комплексных геномных исследований. Исследователи сообщили, что этот тип опухоли характеризуется сложными геномными изменениями и рекуррентными мутациями в 18 генах, включая TP53 почти во всех образцах. Также были выявлены частые мутации в генах дифференцировки плоского эпителия. Collec...
1
Потенциальная терапевтическая мишень была выявлена в большинстве опухолей, что открывает новые направления для разработки таргетного лечения при отсутствии ранее созданных специфических молекулярных препаратов.
2
Наиболее часто нарушались пути NFE2L2/KEAP1 в 34% опухолей, гены плоскоклеточной дифференцировки в 44%, PI3K-путь в 47%, а CDKN2A/RB1 — в 72%.
3
Статистически значимые рецидивирующие мутации выявлены в 11 генах; TP53 был мутирован почти во всех образцах, а в HLA-A обнаружены мутации с потерей функции.
4
Консорциум The Cancer Genome Atlas профилировал 178 плоскоклеточных карцином лёгкого, создав комплексную карту геномных и эпигеномных нарушений.
5
Опухоли характеризовались высокой геномной сложностью: в среднем 360 экзонных мутаций, 165 геномных перестроек и 323 сегмента изменений числа копий на опухоль.

178 плоскоклеточных карцином лёгкого

Комплексный спектр и повторяющиеся закономерности геномных и эпигеномных изменений, включая мутации, геномные перестройки, изменения числа копий и нарушения сигнальных путей

Publication Details
Publication Date
2012-09-07
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Eric S. Lander
Stacey Gabriel
Marco A. Marra
Robert A. Holt
Angela Tam
Miruna Balasundaram
Haiyan I. Li
Richard A. Moore
Eric Chuah
Michael Mayo
Jacqueline E. Schein
Andrew J. Mungall
A. Gordon Robertson
Nina Thiessen
Matthew Meyerson
Nils Gehlenborg
Kristian Cibulskis
Andrew D. Cherniack
Michael S. Lawrence
Doug Voet
Gad Getz
Lynda Chin
Pei Lin
Rameen Beroukhim
Gordon Saksena
Juok Cho
Hailei Zhang
Aaron McKenna
Chang-Jiun Wu
Stephen E. Schumacher
Petar Stojanov
Sachet Shukla
Nam H. Pho
Helga Thorvaldsdottir
Barbara Tabak
Andrey Sivachenko
Marc-Danie Nazaire
Michael Noble
Lihua Zou
Jim Robinson
Jill Mesirov
Douglas Voet
Marcin Imielinski
Peter S. Hammerman
Huy Nguyen
Wendy Winckler
Andrew Crenshaw
Elena Helman
Spring Yingchun Liu
Scott L. Carter
Daniel DiCara
Rui Jing
Bryan Hernandez
Bruce E. Johnson
David Kwiatkowski
Bruce Johnson
Carrie Sougnez
Kristin Ardlie
Robert C. Onofrio
Yongjun Zhao
Karen Mungall
Andy Chu
An He
Elizabeth Chun
Richard Varhol
Carrie Hirst
Martin Hirst
Robin J. N. Coope
Hye-Jung E. Chun
Dominik Stoll
Yaron S. N. Butterfield
Ka Ming Nip
Erin Pleasance
Jared R. Slobodan
Ranabir Guin
Gordon Robertson
Andy Mungall
Darlene Lee
Thomas Zeng
Richard Corbett
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%