Комплексный геномный анализ карциномы яичника
Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma
2011-06-28
SCID: 54.1/ju8xjdvu
Discuss with AI
Атлас генома ракамутации TP53высокозлокачественный серозный рак яичниковдефицит гомологичной рекомбинациимолекулярные подтипы
Figures from the paper
Abstract (AI)
Каталог молекулярных нарушений, вызывающих рак яичника, имеет критическое значение для разработки и внедрения методов лечения, способных улучшить качество жизни пациентов. В рамках проекта «Атлас генома рака» были проанализированы экспрессия матричной РНК, экспрессия микроРНК, метилирование промоторов и число копий ДНК в 489 случаях высокозлокачественной серозной аденокарциномы яичника, а также последовательности ДНК экзонов кодирующих генов в 316 из этих опухолей. Мы установили, что высокозлокачественный серозный рак яичника характеризуется мутациями TP53 почти во всех опухолях (96%); редко встречающимися, но статистически воспроизводимыми соматическими мутациями ещё в девяти генах, включая NF1, BRCA1, BRCA2, RB1 и CDK12; 113 значимыми фокальными нарушениями числа копий ДНК; а также событиями метилирования промоторов, затрагивающими 168 генов. Анализ позволил выделить четыре транскрипционных подтипа рака яичника, три подтипа по профилю микроРНК, четыре подтипа по метилированию промоторов и транскрипционную сигнатуру, связанную с продолжительностью выживания, а также пролил новый свет на влияние опухолей с нарушениями BRCA1/2 (BRCA1 или BRCA2) и CCNE1 на выживаемость. Анализ путей показал, что гомологичная рекомбинация нарушена примерно у половины исследованных опухолей, а сигнальные пути NOTCH и FOXM1 участвуют в патофизиологии серозного рака яичника. Проект «Атлас генома рака» (TCGA) представляет здесь результаты анализа экспрессии матричной РНК и микроРНК, метилирования промоторов, числа копий ДНК и последовательностей экзома в 489 случаях высокозлокачественной серозной аденокарциномы яичника. Эти анализы способствуют выделению новых подтипов опухолей. Среди прочих результатов установлено, что, хотя ген, кодирующий опухолевый супрессор p53, мутирован почти во всех опухолях, ещё девять локусов, включая NF1, BRCA1, BRCA2, RB1 и CDK12, несут повторяющиеся, хотя и редко встречающиеся, мутации. Гомологичная рекомбинация нарушена примерно у половины изученных опухолей, а сигнальные пути Notch и FOXM1 участвуют в патофизиологии.
Key Findings
1
Мутации TP53 обнаруживаются в 96% опухолей высокозлокачественного серозного рака яичников, что указывает на почти универсальное нарушение пути p53.
2
Дефект гомологичной рекомбинации присутствует примерно у половины опухолей, тогда как сигнальные пути NOTCH и FOXM1 участвуют в патофизиологии серозного рака яичников.
3
Интегрированный геномный анализ выявил 113 значимых очаговых нарушений числа копий ДНК и события промоторного метилирования, затрагивающие 168 генов.
4
Молекулярное профилирование определило четыре транскрипционных, три микроРНК- и четыре подтипа по промоторному метилированию, включая транскрипционный профиль, связанный с продолжительностью выживания.
5
В девяти дополнительных генах, включая NF1, BRCA1, BRCA2, RB1 и CDK12, выявлены статистически повторяющиеся, но индивидуально редкие соматические мутации.
Research Object
Высокозлокачественные серозные аденокарциномы яичника (489 образцов опухолей)
Research Subject
геномные и эпигеномные молекулярные нарушения, подтипы опухолей, изменения сигнальных путей и их связь с выживаемостью и патофизиологией
Publication Details
Publication Date
2011-06-28
Journal
Nature
Publisher
Nature Portfolio
ISSN
0028-0836
Cited by
8259
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest
Работы, цитирующие эту статью11
Интегрированная карта генетической вариабельности по данным геномов 1 092 человек2012
Шаблоны геномной утраты гетерозиготности прогнозируют дефекты репарации методом гомологичной рекомбинации при эпителиальном раке яичника2012
Геномные «шрамы» как биомаркеры дефицита гомологичной рекомбинации и ответа на препараты при раке молочной и яичников2014
Внутреннее тестирование дефицита гомологичной рекомбинации при раке яичников: многоинституциональное пилотное исследование в Италии2023
Эпидемиология рака яичников: обзор2017
Обзор проекта «Атлас генома рака» (TCGA): неисчерпаемый источник знаний2015
Мутационный ландшафт и его значение при 12 основных типах рака2013
Проект панкансерного анализа «Атлас генома рака»2013
GSVA: анализ вариабельности наборов генов для данных микрочипов и RNA-seq2013
Комплексная геномная характеристика плоскоклеточного рака лёгкого2012
Внутриопухолевая гетерогенность и ветвящаяся эволюция, выявленные при многорегионном секвенировании2012