HTSeq — фреймворк на Python для работы с данными высокопроизводительного секвенирования

Актуальность: для многих стандартных задач анализа данных высокопроизводительного секвенирования (HTS) существует широкий выбор инструментов. Однако при отклонении проекта от стандартных рабочих процессов требуются пользовательские скрипты. Результаты: мы представляем HTSeq, библиотеку на Python, облегчающую быструю разработку таких скриптов. HTSeq предоставляет парсеры для многих распространённых форматов данных в проектах HTS, а также классы для представления данных, таких как геномные координаты, последовательности, считанные риды, выравнивания, информация о геномных моделях и вызовах вариантов, и обеспечивает структуры данных, позволяющие выполнять запросы по геномным координатам. Мы также представляем htseq-count — инструмент, разработанный с использованием HTSeq, который предварительно обрабатывает данные RNA-Seq для анализа дифференциальной экспрессии путём подсчёта перекрытия ридов с генами. Доступность и реализация: HTSeq распространяется как программное обеспечение с открытым исходным кодом под лицензией GNU General Public Licence и доступен по адресу http://www-huber.embl.de/HTSeq или в Python Package Index по адресу https://pypi.python.org/pypi/HTSeq.