Таксономическая заметка: место реассоциации ДНК–ДНК и анализа последовательности 16S рРНК в современном определении вида в бактериологии

Поскольку естественную сущность «вида» нельзя распознать как группу штаммов, генетически четко обособленную от филогенетических соседей, для определения вида был принят прагматический полифазный подход (L. G. Wayne, D. J. Brenner, R. R. Colwell, P. A. D. Grimont, O. Kandler, M. I. Krichevsky, L. H. Moore, W. E. C. Moore, R. G. E. Murray, E. Stackebrandt, M. P. Starr и H. G. Trüper, Int. J. Syst. Bacteriol. 37:463–464, 1987), в котором доминирующую роль играет значение реассоциации ДНК, составляющее около 70%. После внедрения быстрого анализа последовательности 16S рРНК и признания его потенциала для определения филогенетического положения любого прокариотического организма необходимо уточнить роль сходства 16S рРНК в современном определении вида в бактериологии. Сравнительные исследования ясно выявляют ограничения анализа последовательности этого консервативного гена и его продукта при установлении родства на уровне штаммов, для которого эксперименты по реассоциации ДНК–ДНК по-прежнему являются наиболее надежным методом. Поскольку сегодня первичную структуру 16S рРНК определить легче, чем провести гибридизацию между цепями ДНК, преимущество анализа последовательности состоит в выявлении уровня, на котором необходимо выполнять исследования спаривания ДНК; это, безусловно, относится к значениям сходства 97% и выше.