База данных STRING в 2023 году: сети ассоциаций белок–белок и анализ функционального обогащения для любого секвенированного генома

Значительная часть сложности внутри клетки возникает из функциональных и регуляторных взаимодействий между белками. Основа этих взаимодействий становится все более известной, но продолжают открываться новые взаимодействия, а информация остается рассредоточенной по разным базам данных, экспериментальным модальностям и уровням механистической детализации. База данных STRING (https://string-db.org/) систематически собирает и интегрирует взаимодействия белок–белок — как физические взаимодействия, так и функциональные ассоциации. Данные происходят из нескольких источников: автоматический майнинг текста научной литературы, вычислительные предсказания взаимодействий на основе коэкспрессии и сохраненного геномного контекста, базы данных экспериментальных взаимодействий и известные комплексы/пути из курируемых источников. Все эти взаимодействия подвергаются критической оценке, ранжируются по баллам и затем автоматически переносятся в менее изученные организмы с использованием иерархической информации об ортологии. Данные доступны через веб-сайт, а также программно и в виде массовых загрузок. Наиболее свежие разработки в STRING (версия 12.0) включают: (i) теперь возможно создать, просматривать и анализировать полную сеть взаимодействий для любого нового интересующего генома, путем подачи набора кодируемых им белков, (ii) канал коэкспрессии теперь использует вариационные автоэнкодеры для предсказания взаимодействий и охватывает два новых источника: однонувый (single-cell) RNA-seq и экспериментальные данные протеомики, и (iii) доверие к каждому экспериментально выявленному взаимодействию теперь оценивается на основе использованного метода обнаружения и отображается пользователю в веб-интерфейсе. Кроме того, STRING продолжает совершенствовать возможности анализа функционального обогащения, которые теперь полностью доступны также для геномов, представленных пользователями.