Многообразные исследования ассоциаций по всему геному дают новые сведения о генетической архитектуре устойчивости медоносных пчёл к Varroa

Актуальность: клещ Varroa destructor представляет одну из наиболее значительных глобальных угроз для семей медоносных пчёл. Исследования ассоциаций по всему геному (GWAS) имеют ключевое значение для выделения генетических маркёров, связанных с устойчивостью к Varroa. Мы реализовали шесть сценариев GWAS — аддитивные, доминантные и эпистатические модели для как case–control, так и количественного подхода — чтобы проанализировать SNP-маркёры, связанные с гигиеническим поведением рабочих пчёл. Результаты: аддитивный GWAS (case–control) выявил 10 SNP, тогда как аддитивный GWAS (количественный) обнаружил 23 SNP. В доминантном GWAS было найдено 2 SNP в case–control исследовании и 13 SNP в количественном анализе. Эпистатический GWAS (case–control) идентифицировал 10 парных SNP, а эпистазный GWAS (количественный) выявил 13 парных SNP, ассоциированных с поведением по удалению крышечки (uncapping). Эти сценарии, с частичными перекрытиями, подчеркнули уникальные SNP и показали, что определение данных и используемая генетическая модель существенно влияют на выявление SNP, связанных с признаком uncapping. Комбинация нескольких методов улучшает обнаружение SNP и даёт более глубокое понимание генетической архитектуры устойчивости к Varroa. Обнаруженные SNP распределены по всему геному и характеризуются различиями по частоте минорного аллеля в разных моделях. Анализ обогащения показал, что гены, связанные с этими SNP, преимущественно вовлечены в пути, связанные со стрессовым ответом и иммунитетом. Выводы: в целом наше исследование вносит новые сведения о генетике устойчивости к Varroa у медоносных пчёл; использование геномных данных и различных моделей GWAS существенно продвигает понимание генетической архитектуры этой устойчивости.