GROMACS: Быстрый, гибкий и бесплатный

В статье описан программный пакет GROMACS (Groningen MAchine for Chemical Simulation), разработанный в Университете Гронингена, Нидерланды, в начале 1990-х годов. Программное обеспечение, написанное на ANSI C, возникло из проекта параллельного аппаратного обеспечения и хорошо пригодно для параллелизации на кластерах процессоров. Благодаря тщательной оптимизации поиска соседей и производительности внутренних циклов GROMACS является очень быстрым пакетом для моделирования методом молекулярной динамики. У него нет собственного силового поля, но он совместим с силовыми полями GROMOS, OPLS, AMBER и ENCAD. Кроме того, он может обрабатывать поляризуемые оболочечные модели и гибкие ограничения. Программа универсальна: пользователю можно добавлять процедуры расчёта сил, задавать табличные функции и легко настраивать анализы. Включены методы неравновесной динамики и определения свободной энергии. Предусмотрены интерфейсы с популярными квантово-химическими пакетами (MOPAC, GAMES-UK, GAUSSIAN) для выполнения смешанных MM/QM-симуляций. Пакет включает около 100 утилит и программ для анализа. GROMACS находится в общественном достоянии и распространяется (с исходным кодом и документацией) под лицензией GNU General Public License. Он поддерживается группой разработчиков из университетов Гронингена, Уппсалы и Стокгольма, а также Института Макса Планка по исследованию полимеров в Майнце. Его веб-сайт: http://www.gromacs.org.