CHARMM‐GUI: веб-интерфейс с графическим пользовательским интерфейсом для CHARMM

CHARMM — академическая исследовательская программа, широко используемая для моделирования механики и динамики макромолекул и оснащённая универсальными инструментами анализа и обработки атомных координат и траекторий динамики. CHARMM-GUI, http://www.charmm-gui.org, разработан для предоставления веб-интерфейса с графическим пользовательским интерфейсом, позволяющего генерировать различные входные файлы и молекулярные системы, что облегчает и стандартизирует использование распространённых и передовых методов моделирования в CHARMM. Веб-среда предоставляет идеальную платформу для интерактивного построения и валидации молекулярной модельной системы, благодаря чему при обнаружении проблемы посредством визуального контроля можно вернуться к предыдущему этапу настройки и заново сгенерировать всю систему. В этой статье описаны доступные в настоящее время функциональные модули CHARMM-GUI Input Generator, составляющие основу для передовых методов моделирования. Также кратко обсуждаются перспективы дальнейшего развития проекта CHARMM-GUI и другие функции веб-сайта CHARMM-GUI, такие как Archive и Movie Gallery.