OrthoFinder: филогенетический вывод ортологии для сравнительной геномики

В данной работе представлен существенный шаг в развитии метода OrthoFinder. Этот метод расширяет высокоточную процедуру выявления ортогрупп в OrthoFinder, обеспечивая филогенетический вывод ортологов, построение корневых генных деревьев, выявление событий дупликации генов, построение корневого видового дерева и получение статистических показателей сравнительной геномики. Каждый результат протестирован на соответствующих реальных или смоделированных наборах данных; в тех случаях, когда существуют сопоставимые методы, OrthoFinder демонстрирует результаты, эквивалентные им или превосходящие их. Кроме того, OrthoFinder является наиболее точным методом вывода ортологов в эталонном тесте Quest for Orthologs. Наконец, комплексный филогенетический анализ в OrthoFinder выполняется с такой же скоростью и масштабируемостью, как и наиболее быстрые эвристические методы, основанные на оценочных функциях. OrthoFinder доступен по адресу: https://github.com/davidemms/OrthoFinder.