OrthoDB v11: аннотирование ортологов при наиболее широком охвате разнообразия организмов

OrthoDB предоставляет эволюционные и функциональные аннотации генов для широкого набора эукариот, прокариот и вирусов. Геномика продолжает ускорять изучение разнообразия генов, а ортология является наиболее точным способом связать знания о функциях генов с быстро расширяющейся вселенной геномных последовательностей. OrthoDB включает наиболее разнообразные организмы с геномными данными наивысшего качества, обеспечивая ведущий охват видового разнообразия. Обновление исходных данных — более чем до 18 000 прокариот и почти 2 000 эукариот, включающих свыше 100 миллионов генов, — выводит охват на новый уровень. Это достижение также демонстрирует масштабируемость программного обеспечения OrthoLoger, лежащего в основе определения ортологов и свободно доступного по адресу https://orthologer.ezlab.org. Помимо вычислений ортологии генов ab initio, используемых для выпуска OrthoDB, программное обеспечение OrthoLoger позволяет сопоставлять новые наборы генов с предварительно вычисленными ортологами и тем самым связывать их с соответствующими аннотациями. Бенчмаркинг OrthoLoger в стиле LEMMI подтверждает его соответствие современному уровню производительности; результаты доступны по адресу https://lemortho.ezlab.org. Веб-интерфейс OrthoDB был дополнительно разработан и теперь включает просмотр попарной ортологии от любого гена к любому другому представленному виду. Эволюционные аннотации, вычисленные OrthoDB, а также тщательно собранные функциональные аннотации доступны через REST API или SPARQL/RDF, их можно скачать или просматривать онлайн по адресу https://www.orthodb.org.