База данных микробиоты полости рта человека: веб-доступный ресурс для изучения таксономической и геномной информации о оральных микроорганизмах
The Human Oral Microbiome Database: a web accessible resource for investigating oral microbe taxonomic and genomic information
2010-07-06
SCID: 54.1/3eephg7d
Discuss with AI
ген 16S рРНКBLAST поиск 16S рРНКБаза данных микробиоты полости рта человека (HOMD)Человеческий оральный таксон (HOT)геномы оральных бактерий
Figures from the paper
Abstract (AI)
Микробиота полости рта человека является наиболее изученной человеческой микрофлорой, однако 53% видов ещё не получили валидного названия, а 35% остаются некультивируемыми. Некультивируемые таксоны известны в основном по последовательностям 16S rRNA. Последовательности, связанные только с неинформативными номерами изолятов или клонов и обычно лишённые точного филогенетического размещения, существенно затрудняют работу с данными о микробиоте полости рта. Цель создания Human Oral Microbiome Database (HOMD) — предоставить научному сообществу специализированную по локусу исчерпывающую базу данных для более чем 600 видов прокариот, присутствующих в полости рта человека, на основе курируемой предварительной схемы наименований, основанной на гене 16S rRNA. В настоящее время в HOMD предоставляются два основных типа информации — таксономическая и геномная. Названные оральные виды и таксоны, идентифицированные по анализу последовательностей гена 16S rRNA из оральных изолятов и клонирования, были отнесены к определённым филотипам 16S rRNA и каждому присвоен уникальный номер Human Oral Taxon (HOT). HOT связывает фенотипическую, филогенетическую, геномную, клиническую и библиографическую информацию для каждого таксона. Предоставлен инструмент поиска BLAST для сопоставления пользовательских последовательностей гена 16S rRNA с курированным набором эталонных полных последовательностей гена 16S rRNA. Для геномного анализа HOMD предоставляет исчерпывающий набор инструментов анализа и поддерживает регулярно обновляемые аннотации для всех геномов микробов полости рта человека, которые были секвенированы и публично опубликованы. Последовательности геномов оральных бактерий, определённые в рамках Human Microbiome Project, добавляются в HOMD по мере их появления. Мы предлагаем HOMD как концептуальную модель представления данных микробиома для других локусов человеческого тела. URL базы данных: http://www.homd.org.
Key Findings
1
Создана курируемая База данных человеческого орального микробиома (HOMD) для более чем 600 прокариотических видов полости рта, основанная на временной схеме именования по 16S рRNA.
2
HOMD присваивает уникальные номера Human Oral Taxon (HOT) определённым филотипам 16S rRNA и связывает фенотипическую, филогенетическую, геномную, клиническую и библиографическую информацию для каждого таксона.
3
HOMD поддерживает часто обновляемые аннотации и комплексные инструменты анализа для публично доступных геномов оральных микроорганизмов, включая геномы из проекта Human Microbiome Project.
4
HOMD предоставляет инструмент BLAST для сопоставления пользовательских последовательностей 16S rRNA с курируемым полным референтным набором 16S rRNA, что решает проблему неточной филогенетической привязки сомнительных последовательностей.
5
База данных служит концептуальной моделью для представления данных микробиома других участков тела человека и доступна по адресу http://www.homd.org.
Research Object
База данных микробиоты полости рта человека (HOMD) — веб‑доступная база, специфичная для биологического места, содержащая таксоны и геномы прокариот полости рта человека
Research Subject
Предоставление, кураторство и связывание таксономической информации (привременные наименования на основе 16S rRNA/номера Human Oral Taxon) и геномных данных с инструментами для идентификации, филогенетического размещения и анализа видов микробов полости рта человека
Publication Details
Publication Date
2010-07-06
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest