CCTop: интуитивный, гибкий и надёжный инструмент для предсказания целей CRISPR/Cas9

Инжиниринг системы CRISPR/Cas9 открыл множество новых возможностей для нацеленной мутагенеза и таргетированной модификации генома. В основе этого лежит участок из двадцати нуклеотидов на 5'-конце направляющей РНК, который обеспечивает специфичность связывания эндонуклеазы Cas9. Поскольку последовательность из двадцати нуклеотидов может встречаться в геноме несколько раз и комплекс CRISPR/Cas9 допускает некоторые несовпадения, эффективный и надёжный in silico отбор и оценка участка мишени являются ключевым предпосылкой для экспериментального успеха. В настоящей работе мы представляем онлайн-предиктор целей CRISPR/Cas9 (CCTop, http://crispr.cos.uni-heidelberg.de), разработанный для преодоления ограничений уже существующих инструментов. CCTop обеспечивает интуитивный пользовательский интерфейс с разумными параметрами по умолчанию, которые пользователь может легко настроить. По заданной последовательности CCTop определяет и ранжирует все кандидатные сайты sgRNA в соответствии с качеством внецелевых эффектов и предоставляет полную документацию. CCTop был экспериментально валидирован для инактивирования генов, неблагополучного сшивания концов без гомологии (non-homologous end-joining) и направленной гомологичной репарации (homology-directed repair). Таким образом, CCTop предоставляет практическому биологу инструмент для быстрого и эффективного выявления высококачественных сайтов-мишеней.