Браузер генома человека в UCSC

По мере завершения секвенирования геномов позвоночных и переориентации исследований на их анализ всё более важным становится вопрос эффективного отображения аннотаций генома. На веб-сайте http://genome.ucsc.edu представлен зрелый веб-инструмент для быстрого и надёжного отображения любого выбранного участка генома в любом масштабе вместе с несколькими десятками выровненных треков аннотаций. Браузер отображает контиги и пробелы сборки, выравнивания мРНК и экспрессируемых последовательностей-тегов, результаты многочисленных предсказаний генов, гомологии между видами, однонуклеотидные полиморфизмы, сайты, меченные последовательностями, данные радиационной гибридизации, повторы транспозонов и другие сведения в виде стека совмещённых треков. Поиск по тексту и последовательности обеспечивает быстрый и точный доступ к любому представляющему интерес региону. Дополнительные ссылки от отдельных объектов ведут к сведениям о последовательностях и вспомогательным внешним базам данных. Половина треков аннотаций рассчитывается в Калифорнийском университете в Санта-Крусе на основе общедоступных данных о последовательностях; остальные предоставляются сотрудничающими исследовательскими группами со всего мира. Пользователи могут сохранять в браузере собственные пользовательские треки для образовательных или исследовательских целей. Описаны концептуальная и техническая основы браузера, лежащая в его основе база данных MySQL и принципы его использования. В настоящее время веб-сайт обслуживает более 50 000 страниц в день для более чем 3 000 различных пользователей.