Совместное использование и коллективная курирование данных масс-спектрометрии с помощью Global Natural Products Social Molecular Networking

Rob Knight; Jeramie D. Watrous; Brian T. Murphy; Trent R. Northen; Kenji L. Kurita; Roger G. Linington; Rolf Müller; Pieter C. Dorrestein; Bradley S. Moore; Andrés Mauricio Caraballo‐Rodríguez; Ricardo Silva; Alexey V. Melnik; Louis‐Félix Nothias; Mingxun Wang; Julia A. Vorholt; Jeremy Carver; Vanessa V. Phelan; Laura M. Sanchez; Neha Garg; Yao Peng; Don D. Nguyen; Clifford A. Kapono; Tal Luzzatto‐Knaan; Carla Porto; Amina Bouslimani; Michael J. Meehan; Wei-Ting Liu; Max Crüsemann; Paul D. Boudreau; Eduardo Esquenazi; Mario Sandoval‐Calderón; Roland D. Kersten; Laura Pace; Robert A. Quinn; Katherine Duncan; Cheng‐Chih Hsu; Dimitrios J. Floros; Ronnie G. Gavilán; Karin Kleigrewe; Rachel J. Dutton; Delphine Parrot; Erin E. Carlson; Bertrand Aigle; Charlotte Frydenlund Michelsen; Lars Jelsbak; Christian Sohlenkamp; Pavel A. Pevzner; Anna Edlund; Jeffrey S. McLean; Jörn Piel; Lena Gerwick; Chih‐Chuang Liaw; Yuliang Yang; Hans‐Ulrich Humpf; Maria Maansson; Robert A. Keyzers; Amy Sims; Andrew R. Johnson; Ashley M. Sidebottom; Brian E. Sedio; Andreas Klitgaard; Charles B. Larson; Cristopher A. Boya P.; Daniel Torres‐Mendoza; David J. Gonzalez; Denise Brentan Silva; Lucas Maciel Mauriz Marques; Daniel P. Demarque; Eglė Pociūtė; Ellis C. O’Neill; Enora Briand; Eric J. N. Helfrich; Eve A. Granatosky; Evgenia Glukhov; Florian Ryffel; Hailey Houson; Hosein Mohimani; Jenan J. Kharbush; Yi Zeng; Pep Charusanti; Kerry L. McPhail; Kristian Fog Nielsen; Lisa Vuong; Maryam Elfeki; Matthew F. Traxler; Niclas Engene; Nobuhiro Koyama; Oliver B. Vining; Ralph S. Baric; Samantha J. Mascuch; Sophie Tomasi; Stefan Jenkins; Venkat R. Macherla; Thomas Hoffman; Vinayak Agarwal; Philip G. Williams; Jingqui Dai; Ram P. Neupane; Joshua R. Gurr; Anne Lamsa; Chen Zhang; Kathleen Dorrestein; Brendan M. Duggan; Jehad Almaliti; Pierre‐Marie Allard; Prasad Phapale; Theodore Alexandrov; Marc Litaudon; Jean‐Luc Wolfender; Jennifer Kyle; Thomas Metz; Tyler Peryea; Ðắc-Trung Nguyễn; Danielle VanLeer; Paul Shinn; Ajit Jadhav; Katrina M. Waters; Wenyuan Shi; Xueting Liu; Lixin Zhang; Paul R. Jensen; Bernhard Ø. Palsson; Kit Pogliano; Marcelino Gutiérrez; Norberto Peporine Lopes; William H. Gerwick; Nuno Bandeira; Bradley S Moore

doi:10.1038/nbt.3597

Совместное использование и коллективная курирование данных масс-спектрометрии с помощью Global Natural Products Social Molecular Networking

Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking

Rob Knight, Jeramie D. Watrous, Brian T. Murphy, Trent R. Northen, Kenji L. Kurita, Roger G. Linington, Rolf Müller, Pieter C. Dorrestein, Bradley S. Moore, Andrés Mauricio Caraballo‐Rodríguez, Ricardo Silva, Alexey V. Melnik, Louis‐Félix Nothias, Mingxun Wang, Julia A. Vorholt, Jeremy Carver, Vanessa V. Phelan, Laura M. Sanchez, Neha Garg, Yao Peng, Don D. Nguyen, Clifford A. Kapono, Tal Luzzatto‐Knaan, Carla Porto, Amina Bouslimani, Michael J. Meehan, Wei-Ting Liu, Max Crüsemann, Paul D. Boudreau, Eduardo Esquenazi, Mario Sandoval‐Calderón, Roland D. Kersten, Laura Pace, Robert A. Quinn, Katherine Duncan, Cheng‐Chih Hsu, Dimitrios J. Floros, Ronnie G. Gavilán, Karin Kleigrewe, Rachel J. Dutton, Delphine Parrot, Erin E. Carlson, Bertrand Aigle, Charlotte Frydenlund Michelsen, Lars Jelsbak, Christian Sohlenkamp, Pavel A. Pevzner, Anna Edlund, Jeffrey S. McLean, Jörn Piel, Lena Gerwick, Chih‐Chuang Liaw, Yuliang Yang, Hans‐Ulrich Humpf, Maria Maansson, Robert A. Keyzers, Amy Sims, Andrew R. Johnson, Ashley M. Sidebottom, Brian E. Sedio, Andreas Klitgaard, Charles B. Larson, Cristopher A. Boya P., Daniel Torres‐Mendoza, David J. Gonzalez, Denise Brentan Silva, Lucas Maciel Mauriz Marques, Daniel P. Demarque, Eglė Pociūtė, Ellis C. O’Neill, Enora Briand, Eric J. N. Helfrich, Eve A. Granatosky, Evgenia Glukhov, Florian Ryffel, Hailey Houson, Hosein Mohimani, Jenan J. Kharbush, Yi Zeng, Pep Charusanti, Kerry L. McPhail, Kristian Fog Nielsen, Lisa Vuong, Maryam Elfeki, Matthew F. Traxler, Niclas Engene, Nobuhiro Koyama, Oliver B. Vining, Ralph S. Baric, Samantha J. Mascuch, Sophie Tomasi, Stefan Jenkins, Venkat R. Macherla, Thomas Hoffman, Vinayak Agarwal, Philip G. Williams, Jingqui Dai, Ram P. Neupane, Joshua R. Gurr, Anne Lamsa, Chen Zhang, Kathleen Dorrestein, Brendan M. Duggan, Jehad Almaliti, Pierre‐Marie Allard, Prasad Phapale, Theodore Alexandrov, Marc Litaudon, Jean‐Luc Wolfender, Jennifer Kyle, Thomas Metz, Tyler Peryea, Ðắc-Trung Nguyễn, Danielle VanLeer, Paul Shinn, Ajit Jadhav, Katrina M. Waters, Wenyuan Shi, Xueting Liu, Lixin Zhang, Paul R. Jensen, Bernhard Ø. Palsson, Kit Pogliano, Marcelino Gutiérrez, Norberto Peporine Lopes, William H. Gerwick, Nuno Bandeira, Bradley S Moore

2016-08-01

SCID: 54.1/e4q863ag Discuss with AI

Global Natural Products Social Molecular Networkingбиблиотеки спектров MS/MSкраудсорсинговая курированиеживые данныемасс-спектрометрия

Abstract (AI)

Потенциал разнообразной химии природных продуктов (NP) для биотехнологии и медицины остается нереализованным, поскольку базы данных природных продуктов не позволяют выполнять поиск по необработанным данным, а у сообщества исследователей природных продуктов отсутствуют средства обмена данными, кроме публикации научных статей. Хотя методы масс-спектрометрии (MS) хорошо подходят для высокопроизводительной характеристики природных продуктов, существует насущная потребность в инфраструктуре для обмена данными и их курирования. Мы представляем Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS; http://gnps.ucsd.edu) — открытую базу знаний для организации и обмена необработанными, обработанными или идентифицированными данными тандемной масс-спектрометрии (MS/MS) на уровне всего сообщества. В GNPS краудсорсинговое курирование свободно доступных общесообщественных референсных библиотек масс-спектров будет способствовать улучшению аннотаций. Социальная сеть, основанная на данных, должна облегчить идентификацию спектров и содействовать сотрудничеству. Мы также вводим понятие «живых данных», предполагающее непрерывный повторный анализ депонированных данных.

Key Findings

Краудсорсинговое курирование общедоступных библиотек эталонных масс-спектров должно улучшить аннотацию спектров.

Социальная сеть на основе данных в GNPS может облегчить идентификацию спектров и способствовать сотрудничеству между исследователями.

GNPS вводит концепцию «живых данных» посредством непрерывного повторного анализа загруженных наборов масс-спектрометрических данных.

Представлена GNPS — открытая база знаний для организации и обмена исходными, обработанными и идентифицированными данными MS/MS о природных продуктах.

Платформа устраняет недостаток ресурсов с поиском по исходным данным и ограниченные возможности обмена данными в исследованиях природных продуктов.

Research Object

База знаний Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS) для данных масс-спектрометрии

Research Subject

Организация, обмен, краудсорсинговое курирование, аннотирование и непрерывный повторный анализ данных MS/MS о природных продуктах на уровне всего сообщества

Publication Details

DOI

10.1038/nbt.3597

Publication Date

2016-08-01

Journal

Publisher

ISSN

Open access PDF

https://www.nature.com/articles/nbt.3597.pdf

Access Type

Author Information

Authors

Rob Knight

Jeramie D. Watrous

Brian T. Murphy

Trent R. Northen

Kenji L. Kurita

Roger G. Linington

Rolf Müller

Pieter C. Dorrestein

Bradley S. Moore

Andrés Mauricio Caraballo‐Rodríguez

Ricardo Silva

Alexey V. Melnik

Louis‐Félix Nothias

Mingxun Wang

Julia A. Vorholt

Jeremy Carver

Vanessa V. Phelan

Laura M. Sanchez

Neha Garg

Yao Peng

Don D. Nguyen

Clifford A. Kapono

Tal Luzzatto‐Knaan

Carla Porto

Amina Bouslimani

Michael J. Meehan

Wei-Ting Liu

Max Crüsemann

Paul D. Boudreau

Eduardo Esquenazi

Mario Sandoval‐Calderón

Roland D. Kersten

Laura Pace

Robert A. Quinn

Katherine Duncan

Cheng‐Chih Hsu

Dimitrios J. Floros

Ronnie G. Gavilán

Karin Kleigrewe

Rachel J. Dutton

Delphine Parrot

Erin E. Carlson

Bertrand Aigle

Charlotte Frydenlund Michelsen

Lars Jelsbak

Christian Sohlenkamp

Pavel A. Pevzner

Anna Edlund

Jeffrey S. McLean

Jörn Piel

Lena Gerwick

Chih‐Chuang Liaw

Yuliang Yang

Hans‐Ulrich Humpf

Maria Maansson

Robert A. Keyzers

Amy Sims

Andrew R. Johnson

Ashley M. Sidebottom

Brian E. Sedio

Andreas Klitgaard

Charles B. Larson

Cristopher A. Boya P.

Daniel Torres‐Mendoza

David J. Gonzalez

Denise Brentan Silva

Lucas Maciel Mauriz Marques

Daniel P. Demarque

Eglė Pociūtė

Ellis C. O’Neill

Enora Briand

Eric J. N. Helfrich

Eve A. Granatosky

Evgenia Glukhov

Florian Ryffel

Hailey Houson

Hosein Mohimani

Jenan J. Kharbush

Yi Zeng

Pep Charusanti

Kerry L. McPhail

Kristian Fog Nielsen

Lisa Vuong

Maryam Elfeki

Matthew F. Traxler

Niclas Engene

Nobuhiro Koyama

Oliver B. Vining

Ralph S. Baric

Samantha J. Mascuch

Sophie Tomasi

Stefan Jenkins

Venkat R. Macherla

Thomas Hoffman

Vinayak Agarwal

Philip G. Williams

Jingqui Dai

Ram P. Neupane

Joshua R. Gurr

Anne Lamsa

Chen Zhang

Kathleen Dorrestein

Brendan M. Duggan

Jehad Almaliti

Pierre‐Marie Allard

Prasad Phapale

Theodore Alexandrov

Marc Litaudon

Jean‐Luc Wolfender

Jennifer Kyle

Thomas Metz

Tyler Peryea

Ðắc-Trung Nguyễn

Danielle VanLeer

Paul Shinn

Ajit Jadhav

Katrina M. Waters

Wenyuan Shi

Xueting Liu

Lixin Zhang

Paul R. Jensen

Bernhard Ø. Palsson

Kit Pogliano

Marcelino Gutiérrez

Norberto Peporine Lopes

William H. Gerwick

Nuno Bandeira

Bradley S Moore

Download PDF

Make a presentation

Работы, цитирующие эту статью2

Открытие кёнггиевых кислот в Massilia spp. с использованием молекулярной сетевой аналитики2024 Комменсальная ротовая Rothia mucilaginosa продуцирует энтеробактин — металло-хелатирующий сидерофор2020