Контроль качества, моделирование и визуализация CRISPR-скринингов с помощью MAGeCK-VISPR

Высокопроизводительные CRISPR-скрининги продемонстрировали большие перспективы в функциональной геномике. Мы представляем MAGeCK-VISPR — комплексный рабочий процесс контроля качества (QC), анализа и визуализации CRISPR-скринингов. MAGeCK-VISPR определяет набор показателей QC для оценки качества эксперимента и включает алгоритм максимального правдоподобия для одновременного выявления генов, необходимых для жизнеспособности клеток, в нескольких условиях. Алгоритм использует обобщённую линейную модель для деконволюции различных эффектов и применяет алгоритм максимизации ожидания для итеративной оценки эффективности нокаута sgRNA и эссенциальности генов. MAGeCK-VISPR также включает VISPR — платформу для интерактивной визуализации и исследования результатов контроля качества и анализа. MAGeCK-VISPR находится в свободном доступе по адресу http://bitbucket.org/liulab/mageck-vispr.