Умеренная оценка изменения кратности и дисперсии для данных RNA-seq с помощью DESeq2

В сравнительных высокопроизводительных секвенирующих экспериментах базовой задачей является анализ счетных данных, таких как число ридов на ген в RNA-seq, с целью выявления систематических изменений между экспериментальными условиями. Малое число реплик, дискретность данных, большой динамический диапазон и наличие выбросов требуют применения соответствующего статистического подхода. Мы представляем DESeq2 — метод дифференциального анализа счетных данных, использующий сжатую (shrinkage) оценку дисперсий и изменений кратности для повышения устойчивости и интерпретируемости оценок. Это позволяет проводить более количественный анализ, ориентированный на величину, а не только на факт наличия дифференциальной экспрессии. Пакет DESeq2 доступен по адресу http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html.