Картирование внутриклеточных контактных участков белков выявляет захват паразплексов при инфекции вирусом гриппа A

Вирус гриппа A (IAV) захватывает клеточные механизмы хозяина во время инфекции, но многие белок–белковые взаимодействия вируса и хозяина остаются неохарактеризованными, особенно в их нативном контексте. В настоящей работе мы применили внутриклеточную кросс-связывающую масс-спектрометрию, интегрированную со структурным моделированием и функциональными тестами, для картирования контактных участков белок–белок в инфицированных IAV человеческих клетках. Это выявило ранее нераспознанные взаимодействия вируса и хозяина, связанные с пространственно организованными процессами. Мы идентифицировали факторы хозяина, участвующие в созревании различных гликоформ поверхностного гликопротеина вируса гемагглютинина через мембранно-связанный эндоплазматический ретикулум–аппарат Гольджи. В ядре мы наблюдали прогрессивную дезинтеграцию паразплексов (фазово разделённые немембранные компартменты) в нескольких клеточных линиях. Механистически нуклеопротеин вируса и неструктурный белок 1 взаимодействуют с белками паразплексов хозяина; вирусная эндонуклеаза PA-X деградирует длинные некодирующие РНК, локализованные в паразплексах; и ингибируется РНК-полимераза II хозяина, что приводит к нарушению паразплексов и высвобождению факторов хозяина, способствующих репликации IAV. Эти результаты раскрывают механизмы, с помощью которых IAV эксплуатирует и перестраивает компартменты хозяина во время инфекции.