UCSF ChimeraX: инструменты для построения и анализа структур

Достижения в вычислительных инструментах для построения атомных моделей приводят к созданию точных моделей крупных молекулярных комплексов, наблюдаемых в электронной микроскопии, часто при трудных разрешениях 3–4 Å. Мы описываем новые методы в пакете молекулярного моделирования UCSF ChimeraX, которые используют предсказания структур на основе машинного обучения, обеспечивают максимальное правдоподобное подгонку в картах и вычисляют покомпонентные оценки (per-residue scores) для выявления ошибок в моделировании. Дополнительные инструменты построения моделей облегчают анализ мутаций, посттрансляционных модификаций и взаимодействий с лигандами. Мы представляем последние возможности ChimeraX для построения моделей, включая несколько расширений, разработанных сообществом. ChimeraX доступен бесплатно для некоммерческого использования по адресу https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax.