Enrichr: комплексный веб-сервер для анализа обогащения наборов генов — обновление 2016 года

Enrichr: a comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update
Maxim V. Kuleshov, Matthew R. Jones, Andrew D. Rouillard, Nicolas Fernandez, Qiaonan Duan, Zichen Wang, Simon Koplev, Sherry L. Jenkins, Kathleen M. Jagodnik, Alexander Lachmann, Michael G. McDermott, Caroline D. Monteiro, Gregory W. Gundersen, Avi Ma’ayan
2016-05-03
SCID:  54.1/nya9kkem Discuss with AI
загрузка BED-файловEnrichrвизуализация кластерограмманализ обогащения наборов геновбиблиотеки наборов генов
Abstract (AI)
Анализ обогащения является популярным методом анализа наборов генов, полученных в результате полногеномных экспериментов. В настоящей работе представлено существенное обновление одного из инструментов в этой области — Enrichr. В настоящее время Enrichr содержит обширную коллекцию разнообразных библиотек наборов генов, доступных для анализа и скачивания. Всего Enrichr включает 180 184 аннотированных набора генов из 102 библиотек наборов генов. В Enrichr добавлены новые функции, включая возможность отправки нечётких множеств, загрузки BED-файлов, улучшенный интерфейс прикладного программирования и визуализацию результатов в виде кластерограмм. В целом Enrichr представляет собой комплексный ресурс курируемых наборов генов и поисковую систему, аккумулирующую биологические знания для дальнейших биологических открытий. Enrichr находится в свободном доступе по адресу: http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr.
Key Findings
1
В Enrichr добавлена поддержка передачи нечётких наборов генов и загрузки BED-файлов для анализа обогащения.
2
Enrichr является свободно доступным ресурсом и поисковой системой для курированных наборов генов и накопленных биологических знаний.
3
Обновлённая в 2016 году система Enrichr предоставляет доступ к 180 184 аннотированным наборам генов из 102 разнообразных библиотек.
4
Обновлённая платформа включает улучшенный программный интерфейс API и визуализацию результатов обогащения в виде кластерограмм.
Research Object

веб-сервер Enrichr и его курируемые библиотеки наборов генов

Research Subject

возможности анализа обогащения наборов генов, включая охват библиотек, обработку нечётких множеств и BED-файлов, функциональность API и визуализацию результатов

Publication Details
Publication Date
2016-05-03
Journal
Nucleic Acids Research
Publisher
Oxford University Press
ISSN
0305-1048
Cited by
10772
Access Type
Author Information
Authors
Maxim V. Kuleshov
Matthew R. Jones
Andrew D. Rouillard
Nicolas Fernandez
Qiaonan Duan
Zichen Wang
Simon Koplev
Sherry L. Jenkins
Kathleen M. Jagodnik
Alexander Lachmann
Michael G. McDermott
Caroline D. Monteiro
Gregory W. Gundersen
Avi Ma’ayan
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat →
Make a presentation
100%