Прогнозирование белковых мишеней ресвератрола: биоинформатический анализ

Ресвератрол — природное соединение с широким спектром биологических функций, приносящих пользу здоровью в нормальных условиях и при различных заболеваниях. Это привлекло внимание научного сообщества, которое показало, что соединение реализует свои эффекты через взаимодействие с различными белками. Несмотря на большие усилия, ввиду сопутствующих трудностей не все белки, с которыми взаимодействует ресвератрол, ещё идентифицированы. В данной работе с использованием биоинформатических систем прогнозирования белковых мишеней, анализа данных РНК-секвенирования и сетей белок–белковых взаимодействий было идентифицировано 16 белков как потенциальных мишеней ресвератрола. Ввиду биологической значимости дополнительно исследовали взаимодействие ресвератрола с предсказанной мишенью CDK5. Анализ докинга показал, что ресвератрол может взаимодействовать с CDK5 и располагаться в его АТФ-связывающем кармане. Ресвератрол образует водородные связи своими тремя гидроксильными группами (-OH) с остатками CDK5 C83, D86, K89 и D144. Анализ молекулярной динамики показал, что эти связи позволяют ресвератролу удерживаться в кармане и указывают на возможное ингибирование активности CDK5. Всё это способствует лучшему пониманию механизмов действия ресвератрола и позволяет рассматривать ингибирование CDK5 как часть его биологических эффектов, в частности при нейродегенеративных заболеваниях, где этот белок показал свою значимость. Сообщено Ramaswamy H. Sarma.