limma расширяет возможности анализа дифференциальной экспрессии для исследований RNA-seq и микроматричных данных

limma — программный пакет R/Bioconductor, предоставляющий интегрированное решение для анализа данных экспериментов по изучению экспрессии генов. Он обладает широкими возможностями для работы со сложными экспериментальными планами и заимствования информации, что позволяет преодолеть проблему малых размеров выборки. В течение последнего десятилетия limma был популярен для поиска генов посредством анализа дифференциальной экспрессии микроматричных данных и данных высокопроизводительной ПЦР. Пакет предоставляет особенно мощные средства для считывания, нормализации и исследования таких данных. Недавно возможности limma были значительно расширены в двух важных направлениях. Во-первых, пакет теперь позволяет выполнять анализ как дифференциальной экспрессии, так и дифференциального сплайсинга данных секвенирования РНК (RNA-seq). Все инструменты последующего анализа, ранее применявшиеся только к микроматричным данным, теперь доступны и для RNA-seq. Эти возможности позволяют анализировать данные RNA-seq и микрочипов с использованием очень схожих конвейеров. Во-вторых, пакет теперь позволяет выходить за рамки традиционного анализа экспрессии отдельных генов различными способами, анализируя профили экспрессии с точки зрения совместно регулируемых наборов генов или более сложных сигнатур экспрессии. Это расширяет возможности биологической интерпретации различий в экспрессии генов. В статье рассматриваются философия и структура пакета limma, обобщаются его новые и исторические возможности с акцентом на последние усовершенствования и функции, ранее не описанные.