Минимальная информация о единичном амплифицированном геноме (MISAG) и о геноме, собранном из метагенома (MIMAG) бактерий и архей

Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea
Rob Knight, Bruce W. Birren, William Nelson, Philip Hugenholtz, Gene W. Tyson, Thomas Rattei, Frank Oliver Glöckner, Noah Fierer, Steven Hallam, Natalia Ivanova, Nikos C. Kyrpides, Brett J. Baker, Jillian F. Banfield, Donovan H. Parks, Susannah G. Tringe, Thijs J. G. Ettema, Rex R. Malmstrom, Tanja Woyke, A. Murat Eren, George M Garrity, Robert M. Bowers, Jonathan A. Eisen, Alla Lapidus, Ramūnas Stepanauskas, Pelin Yilmaz, Peer Bork, Eric D. Becraft, Christian Rinke, Brian P. Hedlund, Adam R. Rivers, Jack A. Gilbert, Sean P. Jungbluth, Folker Meyer, ROBERT FINN, Alicia Clum, Guy Cochrane, Frederik Schulz, George M. Weinstock, Ilene Karsch‐Mizrachi, T. B. K. Reddy, Emiley A. Eloe‐Fadrosh, Mircea Podar, Lynn M. Schriml, Shibu Yooseph, Katherine D. McMahon, Wen‐Tso Liu, Alex Copeland, Jeremy A. Dodsworth, Scott Tighe, Miranda Harmon‐Smith, Devin F. R. Doud, Jessica K. Jarett, Granger Sutton, Konstantinos T. Konstantinidis, Gene W Tyson
2017-08-01
SCID:  54.1/mjyxduv2 Discuss with AI
Минимальная информация о любой последовательности (MIxS)Минимальная информация о собранном из метагенома геноме (MIMAG)Минимальная информация о едином амплифицированном геноме (MISAG)качество сборкиполнота генома и контаминация
Abstract (AI)
Мы представляем два стандарта, разработанные Консорциумом геномных стандартов (Genomic Standards Consortium, GSC) для описания последовательностей геномов бактерий и архей. Оба являются расширениями стандарта Minimum Information about Any (x) Sequence (MIxS). Стандарты названы Minimum Information about a Single Amplified Genome (MISAG) и Minimum Information about a Metagenome-Assembled Genome (MIMAG) и охватывают, помимо прочего, качество сборки и оценки полноты генома и его контаминации. Эти стандарты могут использоваться в сочетании с другими контрольными списками GSC, включая Minimum Information about a Genome Sequence (MIGS), Minimum Information about a Metagenomic Sequence (MIMS) и Minimum Information about a Marker Gene Sequence (MIMARKS). Широкое принятие MISAG и MIMAG сообществом будет способствовать проведению более надежных сравнительных геномных анализов разнообразия бактерий и архей.
Key Findings
1
Широкое принятие MISAG и MIMAG сообществом должно способствовать более надежным сравнительным геномным анализам разнообразия бактерий и архей.
2
MISAG и MIMAG расширяют рамки MIxS и задают требования к отчетности, включая качество сборки и оценки полноты генома и загрязнения.
3
Консорциум геномных стандартов разработал два стандарта: MISAG (отдельно амплифицированный геном) и MIMAG (собранный из метагенома геном) для бактерий и архей.
4
Эти стандарты совместимы с другими чек-листами GSC (MIGS, MIMS, MIMARKS) и могут использоваться в комбинации с ними.
Research Object

Стандарты отчётности MISAG и MIMAG для последовательностей геномов бактерий и архей

Research Subject

Спецификация минимальных метаданных и метрик качества для одиночных амплифицированных геномов и собранных из метагеномов геномов, включая качество сборки, оценки полноты генома и загрязнения

Publication Details
Publication Date
2017-08-01
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Rob Knight
Bruce W. Birren
William Nelson
Philip Hugenholtz
Gene W. Tyson
Thomas Rattei
Frank Oliver Glöckner
Noah Fierer
Steven Hallam
Natalia Ivanova
Nikos C. Kyrpides
Brett J. Baker
Jillian F. Banfield
Donovan H. Parks
Susannah G. Tringe
Thijs J. G. Ettema
Rex R. Malmstrom
Tanja Woyke
A. Murat Eren
George M Garrity
Robert M. Bowers
Jonathan A. Eisen
Alla Lapidus
Ramūnas Stepanauskas
Pelin Yilmaz
Peer Bork
Eric D. Becraft
Christian Rinke
Brian P. Hedlund
Adam R. Rivers
Jack A. Gilbert
Sean P. Jungbluth
Folker Meyer
ROBERT FINN
Alicia Clum
Guy Cochrane
Frederik Schulz
George M. Weinstock
Ilene Karsch‐Mizrachi
T. B. K. Reddy
Emiley A. Eloe‐Fadrosh
Mircea Podar
Lynn M. Schriml
Shibu Yooseph
Katherine D. McMahon
Wen‐Tso Liu
Alex Copeland
Jeremy A. Dodsworth
Scott Tighe
Miranda Harmon‐Smith
Devin F. R. Doud
Jessica K. Jarett
Granger Sutton
Konstantinos T. Konstantinidis
Gene W Tyson
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat →
Make a presentation
100%