Новый геномный атлас микробиоты кишечника человека

Состав микробиоты кишечника человека связан со здоровьем и заболеваниями, однако для расшифровки биологических функций отдельных микроорганизмов необходимо изучение составляющих ее видов. Несмотря на масштабные усилия по культивированию и секвенированию, полный набор бактерий микробиоты кишечника человека остается неописанным. В настоящей работе мы идентифицировали 1 952 некультивируемых кандидатных вида бактерий, реконструировав 92 143 метагеномных генома, собранных из 11 850 микробиомов кишечника человека. Эти некультивируемые геномы существенно расширяют известный видовой состав совокупной микробиоты кишечника человека, обеспечивая увеличение филогенетического разнообразия на 281%. Хотя вновь идентифицированные виды встречаются в хорошо изученных популяциях реже, чем виды, представленные референсными изолятами, они повышают точность классификации недостаточно изученных образцов из Африки и Южной Америки более чем на 200%. Эти кандидатные виды кодируют сотни ранее не идентифицированных биосинтетических генных кластеров и обладают особым функциональным потенциалом, который может объяснять трудности их обнаружения. Наша работа расширяет представления об известном разнообразии некультивируемых бактерий кишечника и обеспечивает беспрецедентно высокое разрешение для таксономической и функциональной характеристики микробиоты кишечника.