REFMAC5 для уточнения структур макромолекулярных кристаллов

В статье описываются различные компоненты программы уточнения макромолекулярных кристалографических структур REFMAC5, распространяемой в составе пакета CCP4. REFMAC5 использует различные функции правдоподобия в зависимости от используемых дифракционных данных (амплитуды или интенсивности), наличия твиннинга и доступности экспериментальных дифракционных данных SAD/SIRAS. Для обеспечения химической и структурной целостности уточняемой модели REFMAC5 предлагает несколько классов ограничений и варианты параметризации модели. Надёжные модели при разрешениях как минимум до 4 Å могут быть получены благодаря инструментам для уточнения при низком разрешении, таким как ограничения вторичной структуры, ограничения по известным гомологичным структурам, автоматические глобальные и локальные NCS-ограничения, «jelly-body» ограничения и применение новых дальнодействующих ограничений к параметрам смещения атомов (ADP) на основе дивергенции Кульбака—Лейблера. REFMAC5 также предоставляет параметризацию TLS и, при наличии высокоразрешающих данных, быстрое уточнение анизотропных ADP. Уточнение в присутствии твиннинга выполняется в полностью автоматическом режиме. REFMAC5 является гибким и высоко оптимизированным пакетом уточнения, идеально подходящим для работы по всему диапазону разрешений, встречающихся в макромолекулярной кристаллографии.