PHENIX: комплексная система на базе Python для решения структур макромолекул

PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution
Ralf W. Grosse‐Kunstleve, Paul D. Adams, D. C. Richardson, Gary J. Kapral, Jane S. Richardson, Ian Davis, Randy J. Read, Jeffrey J. Headd, Nigel W. Moriarty, Pavel V. Afonine, Thomas C. Terwilliger, Airlie J. McCoy, G. Bunkóczi, Li‐Wei Hung, Robert D. Oeffner, Peter H. Zwart, V. B. Chen, N. Echols
2012-02-27

PHENIXсистема на Pythonавтоматизированное решение структуравтоматизация кристаллографических алгоритмовмакромолекулярная рентгеновская кристаллография
Макромолекулярная рентгеновская кристаллография регулярно применяется для понимания биологических процессов на молекулярном уровне. Тем не менее для решения и завершения многих таких структур по-прежнему требуется значительное время и усилия из-за необходимости ручной интерпретации сложных числовых данных с использованием множества программных пакетов и многократного применения интерактивной трехмерной графики. PHENIX разработан как комплексная система для решения структур макромолекулярной кристаллографии с упором на автоматизацию всех процедур. Это опирается на разработку алгоритмов, которые сводят к минимуму или устраняют субъективное вмешательство, разработку алгоритмов, автоматизирующих процедуры, традиционно выполняемые вручную, и, наконец, создание фреймворка, обеспечивающего тесную интеграцию между этими алгоритмами.
1
PHENIX автоматизирует процедуры, традиционно выполнявшиеся вручную, включая задачи, ранее требовавшие интерактивной 3D-графики и множества программ.
2
PHENIX делает упор на автоматизацию всех процедур, чтобы сократить время и ручной труд, необходимые для решения и завершения структур.
3
PHENIX реализует алгоритмы, которые минимизируют или устраняют субъективное вмешательство пользователя в рабочие процессы кристаллографии.
4
PHENIX — это комплексная система на Python для решения макромолекулярных кристаллографических структур, интегрирующая несколько алгоритмов и инструментов.
5
PHENIX предоставляет тесно интегрированную структуру, обеспечивающую плотное взаимодействие между автоматизированными алгоритмами и компонентами.

PHENIX — комплексная система на Python для решения макромолекулярных кристаллических структур

Автоматизация и интеграция алгоритмов и процедур для решения структур в макромолекулярной рентгеновской кристаллографии с минимизацией субъективного ввода и заменой ручных интерактивных операций

Publication Details
Publication Date
2012-02-27
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Ralf W. Grosse‐Kunstleve
Paul D. Adams
D. C. Richardson
Gary J. Kapral
Jane S. Richardson
Ian Davis
Randy J. Read
Jeffrey J. Headd
Nigel W. Moriarty
Pavel V. Afonine
Thomas C. Terwilliger
Airlie J. McCoy
G. Bunkóczi
Li‐Wei Hung
Robert D. Oeffner
Peter H. Zwart
V. B. Chen
N. Echols
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%