MEGA4: программное обеспечение Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), версия 4.0

Мы сообщаем о выпуске четвертой версии программного обеспечения MEGA, расширяющей существующие возможности редактирования данных о последовательностях ДНК, полученных с помощью автоматических секвенаторов, поиска данных в веб-базах, автоматического и ручного выравнивания последовательностей, анализа выравниваний последовательностей для оценки эволюционных расстояний, реконструкции филогенетических деревьев и проверки эволюционных гипотез. Версия 4 включает уникальный инструмент для создания подписей к рисункам в формате легенд, обеспечивающий естественно-языковые описания моделей и методов, использованных в анализах. Этот инструмент призван способствовать лучшему пониманию исходных допущений, применяемых в анализах, и получаемых результатов. Еще одной новой функцией является метод максимального составного правдоподобия (Maximum Composite Likelihood, MCL) для одновременной оценки эволюционных расстояний между всеми парами последовательностей с учетом и без учета вариабельности скоростей между сайтами и неоднородности паттернов замещений между линиями. Метод MCL также позволяет оценивать смещение переходы/трансверсии и паттерн нуклеотидных замен без знания филогенетического дерева. Новая версия представляет собой нативное 32-разрядное приложение для Windows с поддержкой многопоточности и многопользовательского режима; она также доступна для работы в настольной среде Linux через слой совместимости Wine и на компьютерах Macintosh на базе процессоров Intel под управлением программы Parallels. Текущая версия MEGA доступна бесплатно по адресу http://www.megasoftware.net.