Проект базы данных генов рибосомной РНК SILVA: усовершенствованная обработка данных и веб-инструменты

SILVA (от латинского silva — «лес»; http://www.arb-silva.de) представляет собой комплексный веб-ресурс, содержащий актуальные базы данных выровненных и прошедших контроль качества последовательностей генов рибосомной РНК (рРНК) из доменов Bacteria, Archaea и Eukaryota, а также дополнительные онлайн-сервисы. Выпуск базы данных 111 (июль 2012 года) включает 3 194 778 последовательностей генов рРНК малой субъединицы и 288 717 последовательностей генов рРНК большой субъединицы. После первоначального описания проекта были внедрены существенные новые возможности, включая усовершенствованные процедуры контроля качества, улучшенный выравниватель генов рРНК, онлайн-инструменты для оценки зондов и праймеров, а также оптимизированные средства просмотра, поиска и загрузки данных на веб-сайте. Кроме того, тщательно курируемая таксономия SILVA и новые нерепрезентативные наборы данных SILVA без избыточности служат идеальным эталоном для высокопроизводительной классификации данных, полученных с использованием подходов секвенирования нового поколения.