MEGA5: Анализ молекулярной эволюционной генетики с использованием методов максимального правдоподобия, эволюционного расстояния и максимальной простоты

Сравнительный анализ данных молекулярных последовательностей необходим для реконструкции эволюционной истории видов и для вывода характера и степени селективных сил, формирующих эволюцию генов и видов. В настоящей работе мы сообщаем о выпуске Molecular Evolutionary Genetics Analysis версии 5 (MEGA5) — удобного программного обеспечения для обработки онлайн-баз данных, построения выравниваний последовательностей и филогенетических деревьев, а также применения методов эволюционной биоинформатики в фундаментальной биологии, биомедицине и эволюции. Новым в MEGA5 является набор анализов на основе метода максимального правдоподобия (ML) для вывода эволюционных деревьев, выбора наилучших моделей замещения (нуклеотидных или аминокислотных), вывода предковых состояний и последовательностей (с оценками вероятностей) и оценки скоростей эволюции по позициям. В компьютерных симуляциях алгоритмы вывода деревьев ML в MEGA5 показали благоприятные результаты по сравнению с другими пакетами программ с точки зрения вычислительной эффективности и точности оценок филогенетических деревьев, параметров замещения и вариации скоростей по сайтам. Интерфейс пользователя MEGA был усовершенствован и стал ориентирован на выполнение задач, что облегчает использование как для начинающих, так и для опытных исследователей. Эта версия MEGA предназначена для платформы Windows и настроена для эффективного использования на рабочих столах Mac OS X и Linux. Программа доступна бесплатно по адресу http://www.megasoftware.net.