База данных инженерии лакказ: система классификации и анализа лакказ и родственных им многомедных оксидаз

Лакказы и их гомологи образуют белковое суперсемейство многомедных оксидаз (MCO). Они катализируют окисление многих, прежде всего фенольных, веществ и, помимо важной роли во многих клеточных процессах, представляют интерес для биотехнологических применений. База данных инженерии лакказ (LccED, http://www.lcced.uni-stuttgart.de) разработана как инструмент для систематической классификации и анализа разнообразного семейства белков многомедных оксидаз на основе последовательностей. Более 2200 белков были классифицированы в 11 надсемейств и 56 гомологичных семейств. Для каждого семейства LccED предоставляет множественные выравнивания последовательностей, филогенетические деревья и специфичные для семейства HMM-профили. Интеграция структур 14 различных белков позволяет проводить комплексное сопоставление последовательностей и структур для определения биохимических свойств. Для различных семейств было исследовано распределение белков по царствам живых организмов. База данных была использована для проведения комплексного анализа с помощью паттернов, специфичных для MCO и лакказ. LccED объединяет информацию о последовательностях и структурах MCO. Она служит инструментом классификации для отнесения новых белков к гомологичному семейству и может применяться для изучения взаимосвязи «последовательность–структура–функция» и направленного конструирования белков. URL базы данных: http://www.lcced.uni-stuttgart.de.