Уточнение в реальном пространстве в PHENIX для криоэлектронной микроскопии и кристаллографии

В статье описана реализация уточнения в реальном пространстве в программе phenix.real_space_refine, входящей в состав пакета PHENIX. Использование упрощённой целевой функции уточнения обеспечивает очень быстрые вычисления, что, в свою очередь, позволяет определять оптимальные веса ограничений по экспериментальным данным в рамках стандартного уточнения при незначительных затратах вычислительного времени. Уточнение атомных моделей по данным низкого разрешения выигрывает от включения максимально возможного объёма дополнительной информации. Помимо стандартных ограничений на ковалентную геометрию, программа phenix.real_space_refine использует такие дополнительные сведения, как ограничения на вторичную структуру и ротамер-специфические ограничения, а также ограничения или условия на внутреннюю молекулярную симметрию. Повторное уточнение 385 моделей, полученных методом криоэлектронной микроскопии и представленных в Protein Data Bank, с разрешением 6 Å или выше показывает значительное улучшение моделей и их соответствия целевым картам.