Определение структуры макромолекул с использованием рентгеновских лучей, нейтронов и электронов: последние разработки в Phenix

Дифракционные методы (рентгеновская, нейтронная и электронная дифракция) и криоэлектронная микроскопия являются мощными методами определения трёхмерных структур макромолекул, необходимых для понимания биологических процессов и разработки новых терапевтических средств для лечения заболеваний. Общая схема определения структуры для этих методов сходна, однако имеются нюансы, обусловленные различиями в свойствах обработанных экспериментальных данных. Поэтому программные средства для определения структуры должны быть адаптированы к каждому методу. Phenix представляет собой комплексный программный пакет для определения структуры макромолекул, предназначенный для работы с данными, полученными любым из этих методов. Задачи, выполняемые с помощью Phenix, включают оценку качества данных, улучшение карт, построение моделей, цикл валидации, перестроения и уточнения, а также депонирование данных. Каждый инструмент адаптирован к соответствующему типу экспериментальных данных. При разработке Phenix особое внимание уделялось автоматизации процедур, где это возможно, чтобы свести к минимуму повторяющиеся и требующие значительных затрат времени ручные операции; при этом параметры по умолчанию выбраны таким образом, чтобы способствовать соблюдению передовых практик. Графический пользовательский интерфейс обеспечивает доступ ко многим функциям Phenix, доступным из командной строки, и упрощает переход между программами, отслеживание проектов и повторный запуск ранее выполненных задач.