Состав бактериального микробиома пищеварительного тракта у взрослых на основе образцов с семи поверхностей рта, миндалин, глотки и стула

ВВЕДЕНИЕ: Для понимания взаимосвязи между бактериальным микробиомом и здоровьем необходимо определить микробиом при отсутствии заболеваний. Пищеварительный тракт включает разнообразные среды и содержит наибольшую бактериальную плотность в человеческом организме. Мы описываем состав бактериального сообщества десяти участков пищеварительного тракта у более чем 200 здоровых взрослых, включённых в проект Human Microbiome Project, и метагеномно определённые метаболические потенциалы четырёх репрезентативных участков. РЕЗУЛЬТАТЫ: Микробиота этих разнообразных сред образовала четыре группы на основе сходных сообществ: слизистая щеки, кератинизированная десна, твёрдое нёбо; слюна, язык, миндалины, глотка; суб- и супрагингивальные бляшки; и стул. Филы, первоначально выявленные в экологических образцах, были обнаружены по всей когорте, в основном TM7, SR1 и Synergistetes. Родовые объединения с патогенными представителями были хорошо представлены в этой когорте без заболеваний. Сообщества, ассоциированные с зубами, были отчётливо отличимы, но не полностью различны по сравнению с другими поверхностями рта. Семейства Porphyromonadaceae, Veillonellaceae и Lachnospiraceae были общими для всех участков, однако распределение их родов существенно различалось. Большинство метаболических процессов были широко представлены в микробиоте пищеварительного тракта с вариациями в метагеномной абундации между анатомическими участками. Это включало сдвиги в типах переносчиков сахаров между супрагингивальной бляшкой, другими оральными поверхностями и стулом; производство водорода и сульфида водорода также было дифференцированно распределено. ВЫВОДЫ: Микробиомы десяти участков пищеварительного тракта разделились на четыре типа по составу. Набор основных метаболических путей присутствовал во всех этих разнообразных средах пищеварительного тракта. Эти данные обеспечивают критическую отправную точку для будущих исследований, изучающих локальные и системные заболевания, влияющие на здоровье человека.