Количественные методы ПЦР в реальном времени для идентификации и количественного определения видов Bifidobacterium в фекалиях младенцев, получающих детскую смесь с пребиотиками

Считается, что здоровая кишечная микробиота важна для формирования слизистого и системного иммунитета младенцев. В кишечной микробиоте детей, находящихся на грудном вскармливании, обычно преобладают различные виды Bifidobacterium. Описано, что у детей с аллергией уровни некоторых видов Bifidobacterium отличаются от таковых у здоровых детей. Для точного количественного определения Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium angulatum, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium catenulatum, Bifidobacterium dentium, Bifidobacterium infantis и Bifidobacterium longum в образцах фекалий были разработаны дуплексные методы на основе 5′-нуклеазной реакции. Эти методы, нацеленные на межгенные спейсерные области генов рРНК, были валидированы и сопоставлены с обычной ПЦР и методами флуоресцентной гибридизации in situ. Затем методы на основе 5′-нуклеазной реакции использовали для определения относительного содержания различных видов Bifidobacterium в образцах фекалий младенцев, получавших стандартную детскую смесь или стандартную смесь, обогащённую галакто- и фруктоолигосахаридами (OSF). Параллельно в качестве референсной была изучена группа детей, находившихся на грудном вскармливании. Результаты показали значимое увеличение общего количества бифидобактерий в фекалиях — с 54,8% ± 9,8% до 73,4% ± 4,0% — у младенцев, получавших пребиотическую смесь (OSF); при этом разнообразие видов Bifidobacterium было сходным с таковым у детей на грудном вскармливании. Кишечная микробиота младенцев, получавших стандартную смесь, по-видимому, характеризовалась более взрослым распределением бифидобактерий и содержала относительно больше B. catenulatum и B. adolescentis (соответственно 2,71% ± 1,92% и 8,11% ± 4,12% против 0,15% ± 0,11% и 1,38% ± 0,98% в группе OSF). В заключение следует отметить, что использованная пребиотическая детская смесь формировала фекальную микробиоту, близкую к микробиоте детей на грудном вскармливании, в том числе на уровне отдельных видов Bifidobacterium.