deepTools2: веб-сервер нового поколения для анализа данных глубокого секвенирования

Представлено обновление веб-сервера на основе Galaxy для обработки и визуализации данных глубокого секвенирования. Его основной набор инструментов deepTools позволяет пользователям выполнять полный цикл биоинформатического анализа — от контроля качества и нормализации выровненных прочтений до интегративного анализа, включая кластеризацию и визуализацию. С момента первой публикации описания нашего сервера deepTools Galaxy в 2014 году мы реализовали новые решения в ответ на многочисленные запросы научного сообщества и пользователей. В данной работе представлены существенные усовершенствования и новые инструменты, призванные дополнительно улучшить визуализацию и интерпретацию данных. deepTools по-прежнему открыт для всех пользователей и бесплатно доступен в качестве веб-сервиса по адресу deeptools.ie-freiburg.mpg.de. Новый пакет deepTools2 можно легко развернуть в любой среде Galaxy через репозиторий ToolShed; кроме того, мы предоставляем исходный код для использования из командной строки в Linux и Mac OS X. Также доступен открытый документированный API для доступа к функциональности deepTools.