ngs.plot: быстрый анализ и визуализация данных секвенирования нового поколения с помощью интеграции геномных баз данных

ВВЕДЕНИЕ: Понимание взаимосвязи между миллионами функциональных элементов ДНК и регулирующими их белками, а также того, как они совместно обеспечивают формирование разнообразных фенотипов, имеет ключевое значение для углубления наших знаний о геноме млекопитающих. Технология секвенирования нового поколения широко используется для изучения этих взаимодействий белок–ДНК и профилирования экспрессии генов в масштабах всего генома. По мере снижения стоимости секвенирования ДНК интерпретация постоянно возрастающего объёма получаемых данных становится серьёзной проблемой. РЕЗУЛЬТАТЫ: Мы разработали ngs.plot — автономную программу для визуализации закономерностей обогащения белков, взаимодействующих с ДНК, в функционально значимых областях на основе данных секвенирования нового поколения. Мы продемонстрировали, что ngs.plot отличается не только эффективностью, но и масштабируемостью. На нескольких примерах показано, что ngs.plot прост в использовании и при этом позволяет создавать весьма информативные рисунки, готовые к публикации. ВЫВОДЫ: Мы заключаем, что ngs.plot является полезным инструментом, помогающим восполнить разрыв между массивами данных и геномной информацией в эпоху больших объёмов данных секвенирования.