Сравнительный атлас доступности хроматина на одиночных клетках человеческого мозга
A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain
2023-10-12
SCID: 54.1/3pj4rg7h
Discuss with AI
кандидатные цис-регуляторные элементы (cCREs)клеточно-специфические регуляторные ландшафтыпрогнозирование немых вариантов риска нейропсихиатрических заболеванийодноклеточная доступность хроматинаsingle-nucleus ATAC-seq
Figures from the paper
Abstract (AI)
Недавние достижения одноядерной транскриптомики выявили разнообразие нейронных и глиальных типов клеток в человеческом мозге. Тем не менее регуляторные программы, определяющие клеточную идентичность и функцию, остаются неясными. С помощью одноядерного метода оценки доступности хроматина с использованием транпосазы и секвенирования (snATAC-seq) мы исследовали ландшафты открытого хроматина в 1,1 млн клеток из 42 регионов мозга трех взрослых доноров. Интеграция данных позволила выделить 107 различных типов клеток и их специфическое использование 544 735 кандидатных цис-регуляторных ДНК-элементов (cCREs) в геноме человека. Почти треть этих cCREs демонстрировала консервацию и доступность хроматина в клетках мозга мыши. Мы выявляем тесные связи между определенными типами клеток мозга и нейропсихиатрическими расстройствами, включая шизофрению, биполярное расстройство, болезнь Альцгеймера (AD) и большую депрессию, и разработали модели глубокого обучения для предсказания регуляторных ролей некодирующих риск-вариантов в этих заболеваниях.
Key Findings
1
Примерно треть выявленных cCREs консервативна и демонстрирует доступность хроматина в соответствующих клетках мозга мыши.
2
Разработаны модели глубокого обучения для предсказания регуляторных эффектов некодирующих риск-варинтов, связанных с этими расстройствами.
3
Обнаружены сильные ассоциации между специфическими типами клеток мозга и нейропсихиатрическими заболеваниями: шизофренией, биполярным расстройством, болезнью Альцгеймера и большим депрессивным расстройством.
4
Создано snATAC-seq профилирование доступности хроматина для 1,1 миллиона ядер из 42 регионов человеческого мозга у трёх взрослых.
5
Выделено 107 различных типов клеток и сопоставлено использование 544 735 кандидатов элементов цис-регуляции (cCREs) по этим типам клеток.
Research Object
Атлас одноклеточной доступности хроматина человеческих ядер (профили snATAC-seq для 1,1 млн ядер из 42 регионов мозга)
Research Subject
Пейзажи доступности хроматина с разрешением по типам клеток и использование кандидатных цис-регуляторных элементов в клетках человеческого мозга, а также их связь с нонкодирующими вариантами, ассоциированными с нейропсихиатрическими заболеваниями
Publication Details
Publication Date
2023-10-12
Journal
Publisher
ISSN
Cited by
172
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest