Интегрированная энциклопедия элементов ДНК генома человека

James Taylor; Peter J. Park; Axel Visel; M Snyder; Konrad J. Karczewski; Bryan R. Lajoie; Michael O. Dorschner; Timo Lassmann; B Bernstein; Philipp Kapranov; T Gingeras; Xianjun Dong; Alexandre Reymond; Yanbao Yu; Robert E. Thurman; Eric Rynes; Richard Humbert; Matthew T. Maurano; Nathan C. Sheffield; Andrew B. Stergachis; Benjamin Vernot; Richard Sandstrom; Daniel Bates; Lisa Boatman; Douglas Dunn; Abigail K. Ebersol; Audra Johnson; Ericka M. Johnson; Kristen Lee; Darin London; Shane Neph; Éric Nguyen; Hongzhu Qu; Alex Reynolds; Vaughn Roach; Alexias Safi; Minerva E. Sanchez; Amartya Sanyal; Lingyun Song; Shinny Vong; Yongqi Yan; Zhancheng Zhang; R. Scott Hansen; Vishwanath R. Iyer; Joshua M. Akey; Terrence S. Furey; J Stamatoyannopoulos; Oren Ram; Timothy E. Reddy; Peggy Farnham; Sylvain Foissac; Ewan Birney; Stefan Washietl; Zhengqing Ouyang; Adam Frankish; Piero Carninci; Akshay Bhinge; Jason Ernst; Pouya Kheradpour; Lucas D. Ward; Matthew L. Eaton; Noam Shoresh; José M. González; Electra Tapanari; Felix Kokocinski; Amonida Zadissa; Veronika Boychenko; Gaurab Mukherjee; Gloria Despacio-Reyes; Cédric Howald; Andrea Tanzer; Thomas Derrien; Jacqueline Chrast; Nathalie Walters; Suganthi Balasubramanian; Baikang Pei; José Manuel Rodrı́guez; Iakes Ezkurdia; Gemma Barson; Alan P. Boyle; Claire Davidson; Gilberto DeSalvo; Sarah Djebali; Jörg Drenkow; Elise A. Feingold; Katherine Fisher-Aylor; Peter J. Good; Alon Goren; Ed Griffiths; Fabian Grubert; Manoj Hariharan; Robbyn Issner; Julien Lagarde; Deepa Manthravadi; Georgi K. Marinov; Kimberly M. Newberry; William Stafford Noble; Michael J. Pazin; Cristina Sisu; Teri Slifer; Alec Victorsen; Jost Vielmetter; Xinqiong Yang; Chris Zaleski; Michael J. MacCoss; Ian Dunham; Balázs Bánfai; Dannon Baker; Erica Dumais; Sonali Jha; Giovanni Bussotti; Cédric Notredame; Subhradip Karmakar; Huaien Wang; Michael F. Lin; Gayathri Balasundaram; Stephen G. Landt; Gaurav Jain; Henry Amrhein; Chenghai Xue; Melissa Cline; Vanessa M. Kirkup; Katrina Learned; Kate R. Rosenbloom; Leslie B. Adams; Angelika Merkel; Xiaoan Ruan; David A. Hendrix; Jainab Khatun; Maik Röder; Michael T. Baer; João Curado; Radha Duttagupta; Assaf Gordon; Harsha P. Gunawardena; Brandon King; Colin Kingswood; Eddie Park; Jonathan Preall; Paolo Ribeca; Brian A. Risk; Michael Sammeth; Atif Shahab; Jørgen Skancke; Stylianos E. Antonarakis; Morgan C. Giddings; Guoliang Li; Troy W. Whitfield; Javier Herrero; Michael M. Hoffman; Alvis Brāzma; Peter V. Kharchenko; Robert C. Altshuler; Phil Lacroute; Lukas Habegger; Chris Gunter; Kevin M. Bowling; Andrea Sboner; Robert S. Harris; Stephen C.J. Parker; Henriette O’Geen; Roger P. Alexander; Brian J. Raney; Damian Keefe; Nathan D. Trinklein; Zarmik Moqtaderi; Xiaoqin Xu; Galt P Barber; Renqiang Min; Nick Addleman; Nitin Bhardwaj; Jason Gertz; Jing Leng; Hannah Monahan; Dorrelyn Patacsil; Debasish Raha; Linfeng Wu; Miaohua Zhang; Raymond K. Auerbach; Kuljeet Singh Sandhu; Meizhen Zheng; Ping Wang; Mark Gerstein; Victor X. Jin; Sofia Kyriazopoulou-Panagiotopoulou; Marc A. Schaub; Donna Karolchik; Patrick Collins; Orion J. Buske; Steven P. Wilder; Daniel Sobral; Margus Lukk; Shawn Levy; Marijke J. van Baren; Jingyi Jessica Li; Naim U. Rashid; Nicholas M. Luscombe; Linda L. Grasfeder; Ryan M. McDaniell; Kimberly A. Showers; Jeffrey A. Bilmes; Sheera Adar; Laurence Meyer; Judith R. Wexler; Timothy R. Dreszer; Devin M. Absher; Catherine Snow; Scott A. Tenenbaum; Shirley Pepke; Jiali Zhuang; Pedro Ferreira; Matthew C. Wong; Marco Mariotti; Ian Bell; Michael Muratet; Lucas Lochovsky; Weisheng Wu; Jeffrey C. Long; Amy S. Nesmith; Jackie Dumais; Kathryn Beal; Paul Flicek; Nathan Johnson; Anshul Kundaje; Serafim Batzoglou; Nadine Hussami; Max W. Libbrecht; Shelley F. Aldred; Carrie A. Davis; Felix Schlesinger; Alex Dobin; Wei Lin; Philippe Batut; Kimberly Bell; Sudipto Chakrabortty; Megan Fastuca; Kata Fejes-Toth; Kimberly Presaud; Lei-Hoon See; Gregory J. Hannon; Francis Doyle; Charles B. Epstein; Tarjei S. Mikkelsen; Xiaolan Zhang; Li Wang; Michael J. Coyne; Timothy Durham; Manching Ku; Thanh Truong; Seth Frietze; Heather Witt; Jennifer Harrow; Timothy J. Hubbard; Bronwen Aken; Daniel Barrell; Andrew Berry; Alexandra Bignell; James Gilbert; Toby Hunt; Mike Kay; Jane Loveland; Jonathan Mudge; Gary Saunders; Stephen Searle; Charlie Steward; Laurens Wilming; Rajinder Kaul; John Wrobel; Job Dekker; Keith Bettinger; Philip Cayting; Yong Cheng; Catharine Eastman; G. Euskirchen; Maya Kasowski; Hugo Lam; Lucia Ramirez; Minyi Shi; Bum-Kyu Lee; Anna Battenhouse; Zheng Liu; 倪芸芸; Florencia Pauli; Richard M. Myers; E. Partridge; Katherine E. Varley; Anita Bansal; Preti Jain; Marie K. Cross; Barbara Pusey; Stephanie Parker; Nicholas S. Davis; Sarah K. Meadows; Tracy Eggleston; J. Scott Newberry; W. James Kent; Cricket A. Sloan; Venkat S. Malladi; Steven G. Heitner; Morgan Maddren; Mark Diekhans; Rachel Harte; Peter Sabo; Theresa K. Canfield; Morgan J. Diegel; Erica Gist; Eric Haugen; Tattyana V. Kutyavin; Fiedencio V. Neri; Anthony O. Shafer; Sean Thomas; Jeff Vierstra; Hao Wang; Molly A. Weaver; Avinash D. Sahu; Gregory E. Crawford; Tianyuan Wang; Deborah Winter; Jeremy M. Simon; Jason D. Lieb; Paul G. Giresi; Christopher Shestak; Matthew R. Schaner; Seul Ki Kim; Zhuzhu Z. Zhang; Joanna O Mieczkowska; Min Jae Kim; Manolis Kellis; Irwin Jungreis; James B. Brown; Qunhua Li; Peter J. Bickel; Nathan P. Boley; Haiyan Huang; Chao Cheng; Joel Rozowsky; Kevin Y. Yip; Alexej Abyzov; E Khurana; Arif Harmanci; Xinmeng J. Mu; Koon-Kiu Yan; Roderic Guigó; Tyler Alioto; David Gonzalez; Rory Johnson; Hagen Tilgner; Melissa Greven; Xinying Lin; Jie Wang; Zhiping Weng; Belinda Giardine; R Hardison; Webb Miller; Sowmya Iyer; Rehab F. Abdelhamid; Ana Maria Suzuki; Hazuki Takahashi; Yoshihide Hayashizaki; Barbara Wold; Brian A. Williams; Igor Antoshechkin; Lorain Schaeffer; Diane Trout; Clarke Gasper; Michael Anaya; Kenneth McCue; Sreeram Balasubramanian; Ali Mortazavi; Elliott H. Margulies; Hualin S. Xi; Shawn Gillespie; Eric D. Green; Rebecca F. Lowdon; Laura A. L. Dillon; Caroline J. Kelly; Julia Zhang; Laura Elnitski; Hanna M. Petrykowska; Kevin P. White; Raj R. Bhanvadia; Alina Choudhury; Marc Domanus; Lijia Ma; Jennifer Moran; Heather Kuiper; Christopher W. Maier; Ling Xie; Xian Chen; Hui Gao; Melissa J. Fullwood; Oscar J. Luo; Yijun Ruan; Daniel Robyr; Piotr A. Mieczkowski; Wing H. Wong; Matthew J. Blow; Len A. Pennachio; Michael L. Tress; Alfonso Valencia; Zhi Lu; Michael Brent; Zhengdong Zhang; David Haussler; Alina R. Cao; Alexandra Charos; Brian Reed; Joseph D. Fleming; Nathan Lamarre-Vincent; Marianne Lindahl-Allen; Benoît Miotto; Kevin Struhl; Sushma Iyengar; Jin Lian; Sherman M. Weissman; Luiz O. Penalva; Thomas Auer; Lázaro Centanin; Michael Eichenlaub; Franziska Gruhl; Stephan Heermann; Burkhard Hoeckendorf; Daigo Inoue; Tanja Kellner; Stephan Kirchmaier; Claudia Mueller; Robert Reinhardt; Lea Schertel; Stephanie Schneider; R. Sinn; Beate Wittbrodt; Jochen Wittbrodt; Rachel Byron; Michael Bender; Mark Groudine; T Frum; Dimitra Lotakis; Patrick Navas; George Stamatoyannopoulos; Kavita Garg; Juan M. Vaquerizas; Arend Sidow

doi:10.1038/nature11247

Интегрированная энциклопедия элементов ДНК генома человека

An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome

James Taylor, Peter J. Park, Axel Visel, M Snyder, Konrad J. Karczewski, Bryan R. Lajoie, Michael O. Dorschner, Timo Lassmann, B Bernstein, Philipp Kapranov, T Gingeras, Xianjun Dong, Alexandre Reymond, Yanbao Yu, Robert E. Thurman, Eric Rynes, Richard Humbert, Matthew T. Maurano, Nathan C. Sheffield, Andrew B. Stergachis, Benjamin Vernot, Richard Sandstrom, Daniel Bates, Lisa Boatman, Douglas Dunn, Abigail K. Ebersol, Audra Johnson, Ericka M. Johnson, Kristen Lee, Darin London, Shane Neph, Éric Nguyen, Hongzhu Qu, Alex Reynolds, Vaughn Roach, Alexias Safi, Minerva E. Sanchez, Amartya Sanyal, Lingyun Song, Shinny Vong, Yongqi Yan, Zhancheng Zhang, R. Scott Hansen, Vishwanath R. Iyer, Joshua M. Akey, Terrence S. Furey, J Stamatoyannopoulos, Oren Ram, Timothy E. Reddy, Peggy Farnham, Sylvain Foissac, Ewan Birney, Stefan Washietl, Zhengqing Ouyang, Adam Frankish, Piero Carninci, Akshay Bhinge, Jason Ernst, Pouya Kheradpour, Lucas D. Ward, Matthew L. Eaton, Noam Shoresh, José M. González, Electra Tapanari, Felix Kokocinski, Amonida Zadissa, Veronika Boychenko, Gaurab Mukherjee, Gloria Despacio-Reyes, Cédric Howald, Andrea Tanzer, Thomas Derrien, Jacqueline Chrast, Nathalie Walters, Suganthi Balasubramanian, Baikang Pei, José Manuel Rodrı́guez, Iakes Ezkurdia, Gemma Barson, Alan P. Boyle, Claire Davidson, Gilberto DeSalvo, Sarah Djebali, Jörg Drenkow, Elise A. Feingold, Katherine Fisher-Aylor, Peter J. Good, Alon Goren, Ed Griffiths, Fabian Grubert, Manoj Hariharan, Robbyn Issner, Julien Lagarde, Deepa Manthravadi, Georgi K. Marinov, Kimberly M. Newberry, William Stafford Noble, Michael J. Pazin, Cristina Sisu, Teri Slifer, Alec Victorsen, Jost Vielmetter, Xinqiong Yang, Chris Zaleski, Michael J. MacCoss, Ian Dunham, Balázs Bánfai, Dannon Baker, Erica Dumais, Sonali Jha, Giovanni Bussotti, Cédric Notredame, Subhradip Karmakar, Huaien Wang, Michael F. Lin, Gayathri Balasundaram, Stephen G. Landt, Gaurav Jain, Henry Amrhein, Chenghai Xue, Melissa Cline, Vanessa M. Kirkup, Katrina Learned, Kate R. Rosenbloom, Leslie B. Adams, Angelika Merkel, Xiaoan Ruan, David A. Hendrix, Jainab Khatun, Maik Röder, Michael T. Baer, João Curado, Radha Duttagupta, Assaf Gordon, Harsha P. Gunawardena, Brandon King, Colin Kingswood, Eddie Park, Jonathan Preall, Paolo Ribeca, Brian A. Risk, Michael Sammeth, Atif Shahab, Jørgen Skancke, Stylianos E. Antonarakis, Morgan C. Giddings, Guoliang Li, Troy W. Whitfield, Javier Herrero, Michael M. Hoffman, Alvis Brāzma, Peter V. Kharchenko, Robert C. Altshuler, Phil Lacroute, Lukas Habegger, Chris Gunter, Kevin M. Bowling, Andrea Sboner, Robert S. Harris, Stephen C.J. Parker, Henriette O’Geen, Roger P. Alexander, Brian J. Raney, Damian Keefe, Nathan D. Trinklein, Zarmik Moqtaderi, Xiaoqin Xu, Galt P Barber, Renqiang Min, Nick Addleman, Nitin Bhardwaj, Jason Gertz, Jing Leng, Hannah Monahan, Dorrelyn Patacsil, Debasish Raha, Linfeng Wu, Miaohua Zhang, Raymond K. Auerbach, Kuljeet Singh Sandhu, Meizhen Zheng, Ping Wang, Mark Gerstein, Victor X. Jin, Sofia Kyriazopoulou-Panagiotopoulou, Marc A. Schaub, Donna Karolchik, Patrick Collins, Orion J. Buske, Steven P. Wilder, Daniel Sobral, Margus Lukk, Shawn Levy, Marijke J. van Baren, Jingyi Jessica Li, Naim U. Rashid, Nicholas M. Luscombe, Linda L. Grasfeder, Ryan M. McDaniell, Kimberly A. Showers, Jeffrey A. Bilmes, Sheera Adar, Laurence Meyer, Judith R. Wexler, Timothy R. Dreszer, Devin M. Absher, Catherine Snow, Scott A. Tenenbaum, Shirley Pepke, Jiali Zhuang, Pedro Ferreira, Matthew C. Wong, Marco Mariotti, Ian Bell, Michael Muratet, Lucas Lochovsky, Weisheng Wu, Jeffrey C. Long, Amy S. Nesmith, Jackie Dumais, Kathryn Beal, Paul Flicek, Nathan Johnson, Anshul Kundaje, Serafim Batzoglou, Nadine Hussami, Max W. Libbrecht, Shelley F. Aldred, Carrie A. Davis, Felix Schlesinger, Alex Dobin, Wei Lin, Philippe Batut, Kimberly Bell, Sudipto Chakrabortty, Megan Fastuca, Kata Fejes-Toth, Kimberly Presaud, Lei-Hoon See, Gregory J. Hannon, Francis Doyle, Charles B. Epstein, Tarjei S. Mikkelsen, Xiaolan Zhang, Li Wang, Michael J. Coyne, Timothy Durham, Manching Ku, Thanh Truong, Seth Frietze, Heather Witt, Jennifer Harrow, Timothy J. Hubbard, Bronwen Aken, Daniel Barrell, Andrew Berry, Alexandra Bignell, James Gilbert, Toby Hunt, Mike Kay, Jane Loveland, Jonathan Mudge, Gary Saunders, Stephen Searle, Charlie Steward, Laurens Wilming, Rajinder Kaul, John Wrobel, Job Dekker, Keith Bettinger, Philip Cayting, Yong Cheng, Catharine Eastman, G. Euskirchen, Maya Kasowski, Hugo Lam, Lucia Ramirez, Minyi Shi, Bum-Kyu Lee, Anna Battenhouse, Zheng Liu, 倪芸芸, Florencia Pauli, Richard M. Myers, E. Partridge, Katherine E. Varley, Anita Bansal, Preti Jain, Marie K. Cross, Barbara Pusey, Stephanie Parker, Nicholas S. Davis, Sarah K. Meadows, Tracy Eggleston, J. Scott Newberry, W. James Kent, Cricket A. Sloan, Venkat S. Malladi, Steven G. Heitner, Morgan Maddren, Mark Diekhans, Rachel Harte, Peter Sabo, Theresa K. Canfield, Morgan J. Diegel, Erica Gist, Eric Haugen, Tattyana V. Kutyavin, Fiedencio V. Neri, Anthony O. Shafer, Sean Thomas, Jeff Vierstra, Hao Wang, Molly A. Weaver, Avinash D. Sahu, Gregory E. Crawford, Tianyuan Wang, Deborah Winter, Jeremy M. Simon, Jason D. Lieb, Paul G. Giresi, Christopher Shestak, Matthew R. Schaner, Seul Ki Kim, Zhuzhu Z. Zhang, Joanna O Mieczkowska, Min Jae Kim, Manolis Kellis, Irwin Jungreis, James B. Brown, Qunhua Li, Peter J. Bickel, Nathan P. Boley, Haiyan Huang, Chao Cheng, Joel Rozowsky, Kevin Y. Yip, Alexej Abyzov, E Khurana, Arif Harmanci, Xinmeng J. Mu, Koon-Kiu Yan, Roderic Guigó, Tyler Alioto, David Gonzalez, Rory Johnson, Hagen Tilgner, Melissa Greven, Xinying Lin, Jie Wang, Zhiping Weng, Belinda Giardine, R Hardison, Webb Miller, Sowmya Iyer, Rehab F. Abdelhamid, Ana Maria Suzuki, Hazuki Takahashi, Yoshihide Hayashizaki, Barbara Wold, Brian A. Williams, Igor Antoshechkin, Lorain Schaeffer, Diane Trout, Clarke Gasper, Michael Anaya, Kenneth McCue, Sreeram Balasubramanian, Ali Mortazavi, Elliott H. Margulies, Hualin S. Xi, Shawn Gillespie, Eric D. Green, Rebecca F. Lowdon, Laura A. L. Dillon, Caroline J. Kelly, Julia Zhang, Laura Elnitski, Hanna M. Petrykowska, Kevin P. White, Raj R. Bhanvadia, Alina Choudhury, Marc Domanus, Lijia Ma, Jennifer Moran, Heather Kuiper, Christopher W. Maier, Ling Xie, Xian Chen, Hui Gao, Melissa J. Fullwood, Oscar J. Luo, Yijun Ruan, Daniel Robyr, Piotr A. Mieczkowski, Wing H. Wong, Matthew J. Blow, Len A. Pennachio, Michael L. Tress, Alfonso Valencia, Zhi Lu, Michael Brent, Zhengdong Zhang, David Haussler, Alina R. Cao, Alexandra Charos, Brian Reed, Joseph D. Fleming, Nathan Lamarre-Vincent, Marianne Lindahl-Allen, Benoît Miotto, Kevin Struhl, Sushma Iyengar, Jin Lian, Sherman M. Weissman, Luiz O. Penalva, Thomas Auer, Lázaro Centanin, Michael Eichenlaub, Franziska Gruhl, Stephan Heermann, Burkhard Hoeckendorf, Daigo Inoue, Tanja Kellner, Stephan Kirchmaier, Claudia Mueller, Robert Reinhardt, Lea Schertel, Stephanie Schneider, R. Sinn, Beate Wittbrodt, Jochen Wittbrodt, Rachel Byron, Michael Bender, Mark Groudine, T Frum, Dimitra Lotakis, Patrick Navas, George Stamatoyannopoulos, Kavita Garg, Juan M. Vaquerizas, Arend Sidow

2012-09-01

SCID: 54.1/zxgsbq9n Discuss with AI

проект ENCODEструктура хроматинафункциональная аннотация геномарегуляторные элементы геновполногеномные ассоциативные исследования

Abstract (AI)

Геном человека кодирует схему построения жизни, однако функция подавляющего большинства его почти трёх миллиардов оснований неизвестна. В рамках проекта «Энциклопедия элементов ДНК» (ENCODE) систематически картированы области транскрипции, связывания факторов транскрипции, структуры хроматина и модификаций гистонов. Эти данные позволили приписать биохимические функции 80% генома, особенно за пределами хорошо изученных белок-кодирующих областей. Многие обнаруженные потенциальные регуляторные элементы физически связаны друг с другом и с экспрессируемыми генами, что даёт новые представления о механизмах регуляции генов. Вновь идентифицированные элементы также демонстрируют статистическое соответствие вариантам последовательности, связанным с заболеваниями человека, и тем самым могут помочь в интерпретации этих вариаций. В целом проект даёт новые представления об организации и регуляции наших генов и генома и представляет собой обширный ресурс функциональных аннотаций для биомедицинских исследований. В этом обзоре проекта ENCODE описаны накопленные на данный момент данные, показывающие, что для 80% генома человека теперь назначена по меньшей мере одна биохимическая функция; вновь идентифицированные функциональные элементы должны помочь в интерпретации результатов полногеномных исследований ассоциаций, поскольку многие из них соответствуют участкам, ассоциированным с заболеваниями человека. Проект «Энциклопедия элементов ДНК» (ENCODE) систематически картировал области транскрипции, связывания факторов транскрипции, структуры хроматина и модификаций гистонов. В этом обзоре Консорциум знакомит читателей с самим проектом, данными и их интегрированным анализом. Теперь для 80% генома человека назначена по меньшей мере одна биохимическая функция. Помимо расширения нашего понимания регуляции экспрессии генов в масштабах всего генома, вновь идентифицированные функциональные элементы должны помочь исследователям интерпретировать результаты полногеномных исследований ассоциаций, поскольку многие из них соответствуют участкам, ассоциированным с заболеваниями человека.

Key Findings

Интеграция данных ENCODE позволила приписать как минимум одну биохимическую функцию 80% генома человека, особенно областям вне белок-кодирующих последовательностей.

Многие кандидатные регуляторные элементы физически связаны друг с другом и с экспрессируемыми генами, раскрывая закономерности регуляции генома.

Новые функциональные элементы статистически соответствуют генетическим вариантам, связанным с заболеваниями человека, что помогает интерпретировать результаты полногеномных ассоциативных исследований.

Проект ENCODE систематически картировал транскрипцию, связывание транскрипционных факторов, структуру хроматина и модификации гистонов в геноме человека.

Проект создал обширный ресурс функциональной аннотации для изучения организации и регуляции генома человека, а также медицински значимой генетической вариабельности.

Research Object

ДНК-элементы в геноме человека

Research Subject

биохимические функции, организация и регуляторные взаимосвязи элементов ДНК на уровне всего генома, включая их связи с экспрессией генов и вариантами, ассоциированными с заболеваниями человека

Publication Details

DOI

10.1038/nature11247

Publication Date

2012-09-01

Journal

Publisher

ISSN

Open access PDF

https://www.nature.com/articles/nature11247.pdf

Access Type

Author Information

Authors

James Taylor

Peter J. Park

Axel Visel

M Snyder

Konrad J. Karczewski

Bryan R. Lajoie

Michael O. Dorschner

Timo Lassmann

B Bernstein

Philipp Kapranov

T Gingeras

Xianjun Dong

Alexandre Reymond

Yanbao Yu

Robert E. Thurman

Eric Rynes

Richard Humbert

Matthew T. Maurano

Nathan C. Sheffield

Andrew B. Stergachis

Benjamin Vernot

Richard Sandstrom

Daniel Bates

Lisa Boatman

Douglas Dunn

Abigail K. Ebersol

Audra Johnson

Ericka M. Johnson

Kristen Lee

Darin London

Shane Neph

Éric Nguyen

Hongzhu Qu

Alex Reynolds

Vaughn Roach

Alexias Safi

Minerva E. Sanchez

Amartya Sanyal

Lingyun Song

Shinny Vong

Yongqi Yan

Zhancheng Zhang

R. Scott Hansen

Vishwanath R. Iyer

Joshua M. Akey

Terrence S. Furey

J Stamatoyannopoulos

Oren Ram

Timothy E. Reddy

Peggy Farnham

Sylvain Foissac

Ewan Birney

Stefan Washietl

Zhengqing Ouyang

Adam Frankish

Piero Carninci

Akshay Bhinge

Jason Ernst

Pouya Kheradpour

Lucas D. Ward

Matthew L. Eaton

Noam Shoresh

José M. González

Electra Tapanari

Felix Kokocinski

Amonida Zadissa

Veronika Boychenko

Gaurab Mukherjee

Gloria Despacio-Reyes

Cédric Howald

Andrea Tanzer

Thomas Derrien

Jacqueline Chrast

Nathalie Walters

Suganthi Balasubramanian

Baikang Pei

José Manuel Rodrı́guez

Iakes Ezkurdia

Gemma Barson

Alan P. Boyle

Claire Davidson

Gilberto DeSalvo

Sarah Djebali

Jörg Drenkow

Elise A. Feingold

Katherine Fisher-Aylor

Peter J. Good

Alon Goren

Ed Griffiths

Fabian Grubert

Manoj Hariharan

Robbyn Issner

Julien Lagarde

Deepa Manthravadi

Georgi K. Marinov

Kimberly M. Newberry

William Stafford Noble

Michael J. Pazin

Cristina Sisu

Teri Slifer

Alec Victorsen

Jost Vielmetter

Xinqiong Yang

Chris Zaleski

Michael J. MacCoss

Ian Dunham

Balázs Bánfai

Dannon Baker

Erica Dumais

Sonali Jha

Giovanni Bussotti

Cédric Notredame

Subhradip Karmakar

Huaien Wang

Michael F. Lin

Gayathri Balasundaram

Stephen G. Landt

Gaurav Jain

Henry Amrhein

Chenghai Xue

Melissa Cline

Vanessa M. Kirkup

Katrina Learned

Kate R. Rosenbloom

Leslie B. Adams

Angelika Merkel

Xiaoan Ruan

David A. Hendrix

Jainab Khatun

Maik Röder

Michael T. Baer

João Curado

Radha Duttagupta

Assaf Gordon

Harsha P. Gunawardena

Brandon King

Colin Kingswood

Eddie Park

Jonathan Preall

Paolo Ribeca

Brian A. Risk

Michael Sammeth

Atif Shahab

Jørgen Skancke

Stylianos E. Antonarakis

Morgan C. Giddings

Guoliang Li

Troy W. Whitfield

Javier Herrero

Michael M. Hoffman

Alvis Brāzma

Peter V. Kharchenko

Robert C. Altshuler

Phil Lacroute

Lukas Habegger

Chris Gunter

Kevin M. Bowling

Andrea Sboner

Robert S. Harris

Stephen C.J. Parker

Henriette O’Geen

Roger P. Alexander

Brian J. Raney

Damian Keefe

Nathan D. Trinklein

Zarmik Moqtaderi

Xiaoqin Xu

Galt P Barber

Renqiang Min

Nick Addleman

Nitin Bhardwaj

Jason Gertz

Jing Leng

Hannah Monahan

Dorrelyn Patacsil

Debasish Raha

Linfeng Wu

Miaohua Zhang

Raymond K. Auerbach

Kuljeet Singh Sandhu

Meizhen Zheng

Ping Wang

Mark Gerstein

Victor X. Jin

Sofia Kyriazopoulou-Panagiotopoulou

Marc A. Schaub

Donna Karolchik

Patrick Collins

Orion J. Buske

Steven P. Wilder

Daniel Sobral

Margus Lukk

Shawn Levy

Marijke J. van Baren

Jingyi Jessica Li

Naim U. Rashid

Nicholas M. Luscombe

Linda L. Grasfeder

Ryan M. McDaniell

Kimberly A. Showers

Jeffrey A. Bilmes

Sheera Adar

Laurence Meyer

Judith R. Wexler

Timothy R. Dreszer

Devin M. Absher

Catherine Snow

Scott A. Tenenbaum

Shirley Pepke

Jiali Zhuang

Pedro Ferreira

Matthew C. Wong

Marco Mariotti

Ian Bell

Michael Muratet

Lucas Lochovsky

Weisheng Wu

Jeffrey C. Long

Amy S. Nesmith

Jackie Dumais

Kathryn Beal

Paul Flicek

Nathan Johnson

Anshul Kundaje

Serafim Batzoglou

Nadine Hussami

Max W. Libbrecht

Shelley F. Aldred

Carrie A. Davis

Felix Schlesinger

Alex Dobin

Wei Lin

Philippe Batut

Kimberly Bell

Sudipto Chakrabortty

Megan Fastuca

Kata Fejes-Toth

Kimberly Presaud

Lei-Hoon See

Gregory J. Hannon

Francis Doyle

Charles B. Epstein

Tarjei S. Mikkelsen

Xiaolan Zhang

Li Wang

Michael J. Coyne

Timothy Durham

Manching Ku

Thanh Truong

Seth Frietze

Heather Witt

Jennifer Harrow

Timothy J. Hubbard

Bronwen Aken

Daniel Barrell

Andrew Berry

Alexandra Bignell

James Gilbert

Toby Hunt

Mike Kay

Jane Loveland

Jonathan Mudge

Gary Saunders

Stephen Searle

Charlie Steward

Laurens Wilming

Rajinder Kaul

John Wrobel

Job Dekker

Keith Bettinger

Philip Cayting

Yong Cheng

Catharine Eastman

G. Euskirchen

Maya Kasowski

Hugo Lam

Lucia Ramirez

Minyi Shi

Bum-Kyu Lee

Anna Battenhouse

Zheng Liu

倪芸芸

Florencia Pauli

Richard M. Myers

E. Partridge

Katherine E. Varley

Anita Bansal

Preti Jain

Marie K. Cross

Barbara Pusey

Stephanie Parker

Nicholas S. Davis

Sarah K. Meadows

Tracy Eggleston

J. Scott Newberry

W. James Kent

Cricket A. Sloan

Venkat S. Malladi

Steven G. Heitner

Morgan Maddren

Mark Diekhans

Rachel Harte

Peter Sabo

Theresa K. Canfield

Morgan J. Diegel

Erica Gist

Eric Haugen

Tattyana V. Kutyavin

Fiedencio V. Neri

Anthony O. Shafer

Sean Thomas

Jeff Vierstra

Hao Wang

Molly A. Weaver

Avinash D. Sahu

Gregory E. Crawford

Tianyuan Wang

Deborah Winter

Jeremy M. Simon

Jason D. Lieb

Paul G. Giresi

Christopher Shestak

Matthew R. Schaner

Seul Ki Kim

Zhuzhu Z. Zhang

Joanna O Mieczkowska

Min Jae Kim

Manolis Kellis

Irwin Jungreis

James B. Brown

Qunhua Li

Peter J. Bickel

Nathan P. Boley

Haiyan Huang

Chao Cheng

Joel Rozowsky

Kevin Y. Yip

Alexej Abyzov

E Khurana

Arif Harmanci

Xinmeng J. Mu

Koon-Kiu Yan

Roderic Guigó

Tyler Alioto

David Gonzalez

Rory Johnson

Hagen Tilgner

Melissa Greven

Xinying Lin

Jie Wang

Zhiping Weng

Belinda Giardine

R Hardison

Webb Miller

Sowmya Iyer

Rehab F. Abdelhamid

Ana Maria Suzuki

Hazuki Takahashi

Yoshihide Hayashizaki

Barbara Wold

Brian A. Williams

Igor Antoshechkin

Lorain Schaeffer

Diane Trout

Clarke Gasper

Michael Anaya

Kenneth McCue

Sreeram Balasubramanian

Ali Mortazavi

Elliott H. Margulies

Hualin S. Xi

Shawn Gillespie

Eric D. Green

Rebecca F. Lowdon

Laura A. L. Dillon

Caroline J. Kelly

Julia Zhang

Laura Elnitski

Hanna M. Petrykowska

Kevin P. White

Raj R. Bhanvadia

Alina Choudhury

Marc Domanus

Lijia Ma

Jennifer Moran

Heather Kuiper

Christopher W. Maier

Ling Xie

Xian Chen

Hui Gao

Melissa J. Fullwood

Oscar J. Luo

Yijun Ruan

Daniel Robyr

Piotr A. Mieczkowski

Wing H. Wong

Matthew J. Blow

Len A. Pennachio

Michael L. Tress

Alfonso Valencia

Zhi Lu

Michael Brent

Zhengdong Zhang

David Haussler

Alina R. Cao

Alexandra Charos

Brian Reed

Joseph D. Fleming

Nathan Lamarre-Vincent

Marianne Lindahl-Allen

Benoît Miotto

Kevin Struhl

Sushma Iyengar

Jin Lian

Sherman M. Weissman

Luiz O. Penalva

Thomas Auer

Lázaro Centanin

Michael Eichenlaub

Franziska Gruhl

Stephan Heermann

Burkhard Hoeckendorf

Daigo Inoue

Tanja Kellner

Stephan Kirchmaier

Claudia Mueller

Robert Reinhardt

Lea Schertel

Stephanie Schneider

R. Sinn

Beate Wittbrodt

Jochen Wittbrodt

Rachel Byron

Michael Bender

Mark Groudine

T Frum

Dimitra Lotakis

Patrick Navas

George Stamatoyannopoulos

Kavita Garg

Juan M. Vaquerizas

Arend Sidow

Download PDF

Make a presentation

Источники этой статьи в scid.ai1

Каталог длинных некодирующих РНК человека GENCODE v7: анализ структуры генов, эволюции и экспрессии2012

Работы, цитирующие эту статью11

DNABERT: предварительно обученная двунаправленная модель представлений энкодера на основе Transformers для языка ДНК в геноме2021 Энциклопедия регуляторных взаимодействий усилитель–ген человека2026 Атлас генетических регуляторных эффектов по тканям человека консорциума GTEx2020 Консервативные последовательности в интроне Drosophila mod(mdg4) способствуют поли(А)-независимой терминации транскрипции и транс-сплайсингу2018 Инструментарий CRISPR для редактирования генома и не только2018 Мультиомные подходы к изучению заболеваний2017 deepTools2: веб-сервер нового поколения для анализа данных глубокого секвенирования2016 Механизмы функционирования длинных некодирующих РНК в развитии и при заболеваниях2016 Глобальный эталон генетической вариабельности человека2015 Интегративный анализ 111 референсных эпигеномов человека2015 Длинные некодирующие РНК: прошлое, настоящее и будущее2013