Инструменты обогащения в биоинформатике: пути к всестороннему функциональному анализу больших списков генов

Функциональный анализ больших списков генов, получаемых в большинстве случаев с помощью современных высокопроизводительных геномных, протеомных и биоинформатических сканирующих подходов, по-прежнему остается сложной и непростой задачей. Анализ обогащения по аннотациям генов является перспективной стратегией для высокопроизводительного анализа, повышающей вероятность того, что исследователи выявят биологические процессы, наиболее релевантные их исследованию. В данном обзоре собраны примерно 68 инструментов биоинформатического обогащения, доступных в сообществе. Инструменты уникально классифицированы в три основные группы в зависимости от используемых алгоритмов обогащения. Комплексные коллекции, уникальные классификации инструментов и сопутствующие вопросы и проблемы предоставляют более полное и актуальное представление о преимуществах, подводных камнях и современных тенденциях на уровне классов инструментов, а не в виде анализа «инструмент за инструментом». Таким образом, обзор поможет разработчикам инструментов и опытным конечным пользователям понять базовые алгоритмы и соответствующие детали конкретных категорий/инструментов, что позволит им делать оптимальный выбор в соответствии с их конкретными исследовательскими интересами.