UCSF Chimera — система визуализации для исследовательской и аналитической работы

UCSF Chimera—A visualization system for exploratory research and analysis
Elaine C. Meng, Thomas D. Goddard, Conrad C. Huang, Eric F. Pettersen, Gregory S. Couch, Thomas E. Ferrin, Daniel M. Greenblatt
2004-07-01
SCID:  54.1/fxsycc3m Discuss with AI
расширение Collaboratoryрасширение MultiscaleUCSF ChimeraVolume Viewerвизуализация молекул
Abstract (AI)
Рассматриваются проектирование, реализация и возможности расширяемой системы визуализации UCSF Chimera. Chimera разделена на ядро, обеспечивающее базовые сервисы и визуализацию, и расширения, предоставляющие большинство функций более высокого уровня. Такая архитектура гарантирует, что механизм расширений удовлетворяет требованиям внешних разработчиков, желающих внедрять новые возможности. Описаны два нетипичных расширения: Multiscale, добавляющее возможность визуализации крупномасштабных молекулярных комплексов, таких как вирусные оболочки, и Collaboratory, позволяющее исследователям интерактивно совместно использовать сессию Chimera, находясь в разных местах. Другие расширения включают Multalign Viewer для отображения множественных выравниваний последовательностей и связанных структур; ViewDock для скрининга ориентировок сдocked лигандов; Movie для воспроизведения траекторий молекулярной динамики; и Volume Viewer для отображения и анализа объемных данных. Приведено обсуждение использования Chimera в реальных ситуациях и ожидаемых направлений дальнейшего развития. Chimera поставляется с полной документацией пользователя, бесплатно для академических и некоммерческих пользователей и доступна для Microsoft Windows, Linux, Apple Mac OS X, SGI IRIX и HP Tru64 Unix по адресу http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/.
Key Findings
1
Chimera применяется в реальных исследовательских задачах, содержит полную документацию пользователя и бесплатно доступна академическим и некоммерческим пользователям на нескольких операционных системах.
2
Расширение Collaboratory обеспечивает интерактивный обмен сессией Chimera между исследователями в разных местах.
3
Расширение Multiscale позволяет визуализировать крупномасштабные молекулярные комплексы, такие как оболочки вирусов.
4
Другие расширения обеспечивают конкретные функции: Multalign Viewer (множественные выравнивания последовательностей и связанные структуры), ViewDock (скрининг ориентировок докированных лигандов), Movie (воспроизведение траекторий молекулярной динамики) и Volume Viewer (отображение и анализ объемных данных).
5
Архитектура расширений спроектирована так, чтобы удовлетворять требованиям внешних разработчиков, желающих добавлять новые возможности.
6
UCSF Chimera — это расширяемая система визуализации с ядром, обеспечивающим базовые сервисы, и расширениями для более высокого уровня функциональности.
Research Object

Система визуализации UCSF Chimera

Research Subject

Проектирование, реализация и расширяемость (ядро и архитектура расширений), а также возможности визуализации и анализа для исследовательской молекулярной работы, включая мультимасштабные сборки, совместные сессии, отображение выравниваний последовательностей/структур, визуализацию докинга, воспроизведение траекторий и отображение объёмных данных

Publication Details
Publication Date
2004-07-01
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Elaine C. Meng
Thomas D. Goddard
Conrad C. Huang
Eric F. Pettersen
Gregory S. Couch
Thomas E. Ferrin
Daniel M. Greenblatt
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat →
Make a presentation
100%