Карта вариабельности генома человека на основе секвенирования в масштабах популяций
A map of human genome variation from population-scale sequencing
2010-10-26
SCID: 54.1/w3dfxwdd
Discuss with AI
Проект 1000 геномоввариации генома человекаоднонуклеотидные полиморфизмыструктурные вариантыполногеномное секвенирование
Figures from the paper
Abstract (AI)
Проект «1000 геномов» направлен на глубокую характеристику вариабельности последовательности генома человека как основу для изучения взаимосвязи между генотипом и фенотипом. Здесь представлены результаты пилотной фазы проекта, предназначенной для разработки и сопоставления различных стратегий полногеномного секвенирования с использованием высокопроизводительных платформ. Были выполнены три проекта: полногеномное секвенирование 179 человек из четырех популяций с низким покрытием; секвенирование с высоким покрытием двух трио «мать–отец–ребенок»; и таргетное секвенирование экзонов у 697 человек из семи популяций. Описаны локализация, частоты аллелей и локальная структура гаплотипов приблизительно 15 миллионов однонуклеотидных полиморфизмов, 1 миллиона коротких вставок и делеций и 20 000 структурных вариантов, большинство из которых ранее не были описаны. Показано, что, поскольку каталогизировано подавляющее большинство распространенных вариантов, более 95% доступных в настоящее время вариантов, обнаруживаемых у любого отдельного человека, присутствуют в этом наборе данных. В среднем каждый человек несет приблизительно от 250 до 300 вариантов с потерей функции в аннотированных генах и от 50 до 100 вариантов, ранее связанных с наследственными заболеваниями. Продемонстрировано, как эти результаты могут использоваться для планирования исследований ассоциаций и функциональных исследований. На основании двух трио непосредственно оценена частота мутаций de novo замены оснований в зародышевой линии — приблизительно 10−8 на пару оснований за поколение. Данные исследованы на предмет признаков естественного отбора; выявлено значительное снижение генетической вариабельности в окрестностях генов, обусловленное отбором в сцепленных локусах. Эти методы и общедоступные данные будут способствовать следующему этапу исследований генетики человека. В этом выпуске журнала Nature опубликована первая статья проекта «1000 геномов» — международного сотрудничества, целью которого является создание обширного общедоступного каталога генетической вариабельности человека. Фактически планируется секвенировать около 2 000 неидентифицированных лиц из 20 популяций.
Key Findings
1
Анализ двух трио «родители–ребёнок» позволил оценить частоту новых герминальных замен оснований примерно в 10−8 на пару оснований за поколение.
2
Поскольку набор данных охватывает почти всю распространённую вариабельность человека, более 95% доступных в настоящее время вариантов у любого человека представлены в этом наборе.
3
Каждый человек несёт примерно 250–300 вариантов потери функции в аннотированных генах и 50–100 вариантов, ранее связанных с наследственными заболеваниями.
4
Генетическая вариабельность заметно снижена вблизи генов, что согласуется с действием естественного отбора через сцепленные участки; открытые данные поддерживают ассоциативные и функциональные исследования.
5
Пилотный проект 1000 Genomes каталогизировал примерно 15 миллионов однонуклеотидных полиморфизмов, 1 миллион коротких вставок и делеций и 20 000 структурных вариантов, большинство из которых ранее не описывались.
Research Object
Каталог вариантов последовательности генома человека, полученный при популяционном секвенировании (пилотные данные проекта 1000 Genomes)
Research Subject
распределение, частоты аллелей, структура гаплотипов, функциональные последствия, частота мутаций и признаки естественного отбора для генетических вариантов человека
Publication Details
Publication Date
2010-10-26
Journal
Publisher
ISSN
Cited by
8126
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest
Источники этой статьи в scid.ai1
Работы, цитирующие эту статью8
Глобальный эталон генетической вариабельности человека2015
Интегрированная энциклопедия элементов ДНК генома человека2012
Integrative Genomics Viewer (IGV): высокопроизводительная визуализация и исследование геномных данных2012
Интегрированная карта генетической вариабельности по данным геномов 1 092 человек2012
Статистическая структура для выявления SNP, обнаружения мутаций, картирования ассоциаций и оценки популяционных генетических параметров по данным секвенирования2011
Полногеномные ассоциативные исследования2021
Картирование генетической архитектуры COVID-19 у человека2021
Сравнение геномов деревенских собак и волков выявляет роль нервного гребня в одомашнивании собак2018