Особенности и развитие Coot

Coot — приложение для молекулярной графики, предназначенное для построения и валидации моделей биологических макромолекул. Программа отображает карты электронной плотности и атомные модели, а также позволяет выполнять такие операции с моделями, как идеализация, уточнение в реальном пространстве, ручной поворот и перенос, подгонка как твердого тела, поиск лигандов, сольватация, внесение мутаций, выбор ротамеров и идеализация по Рамачандрану. Кроме того, предусмотрены средства валидации моделей, а также интерфейсы для внешних программ уточнения, валидации и визуализации. Программное обеспечение разработано с учетом простоты освоения начинающими пользователями: инструменты для выполнения распространенных задач должны быть доступны для обнаружения через знакомые элементы пользовательского интерфейса (меню и панели инструментов) или интуитивное управление (средства управления мышью). Последние разработки были сосредоточены на предоставлении инструментов для опытных пользователей, включая настраиваемые сочетания клавиш, расширения и развитый интерфейс сценариев. Программное обеспечение быстро развивается, но уже получило широкое распространение в кристаллографическом сообществе. Представлено современное состояние программного обеспечения, описаны доступные возможности и некоторые используемые базовые методы.